flirt-applyxfm-initT2F_fsl.mat-inROI.nii.gz-refT1C.nii.gz-outROI_1.nii.gz# 应用图像刚性配准得到的仿射矩阵:T2F_fsl.mat,直接对ROI.nii.gz进行仿射,输出刚性配准后标签:ROI_1.nii.gzfslmathsROI_1.nii.gz-thr0.5-binROI_mask_res.nii.gz# -thr设置阈值为0.5,>=0.5==1, <0.5==0,将标签统一...
FLIRT 最简单的用法是将两个单一图像配准在一起。这可以通过在顶部框中选择“输入图像 -> 参考图像”模式,然后在“参考图像”和“输入图像”框中填入相应的图像来完成。结果是一个配准后的图像,它将被保存到“输出图像”框中指定的位置。所有其他选项/框可以保留其默认值。 第二种操作模式是一个两阶段配准,它接...
flirt [options] -in -ref <refvol> -applyxfm -init <matrix> -out 这里提供了三种方式,终端输入flirt可以查看使用说明 我们首先使用第一种flirt -in T1W_brain.nii.gz -ref T2W_brain.nii.gz -out register1.nii.gz -dof 6 -c...
flirt [options] -in -ref <refvol> -applyxfm -init <matrix> -out 1. 2. 3. 这里提供了三种方式,终端输入flirt可以查看使用说明 我们首先使用第一种 flirt -in T1W_brain.nii.gz -ref T2W_brain.nii.gz -out register1.nii.gz -dof 6 -cost corratio 红色是配准后的T1w,和T2w还是没有对...
这里使用的功能FLIRT:线性变换,FNIRT:非线性变换 但是,无论是分割还是配准,都有局限性:只对 MRI 脑数据有作用, 因为FSL 本身就是脑影像数据处理软件。 那我们不做 MRI 脑数据,这个工具还能干什么呢? 以下简单介绍一些通用功能: 4. 使用FSLeyes查看图像 ...
将每个volume分别注册到参考 这个MCtarget可以是任何一个volume，不管是第一个/中间层或是几个volume的平均都可以。在FEAT_GUI的操作如下图所示。利用命令行的代码如下：mcflirt –in [options]其中的option选项如下：-o [specify name of output file; default is _mcf]-dof [degrees-of-freedom, default is ...
配准: linear (FLIRT) & non-linear (FNIRT) 脑组合分割/提取: brain segmentation/extraction (BET) 组织类型分割: tissue type segmentation (FAST) 皮层下结构分割: subcortical structures segmentation (FIRST) 体素GM 密度分析: voxelwise GM density analysis (FSLVBM) ...
- FLIRT(FMRIB's Linear Image Registration Tool)和FNIRT(FMRIB's Non-linear Image Registration Tool):用于图像配准的工具,可以将不同模态或不同时间点的图像对齐。 - BET(Brain Extraction Tool):用于从MRI图像中提取大脑结构。 3. FSL在神经影像学研究中扮演重要角色,因为它提供了从数据预处理到结果解释的完整...
FSL中是通过MCFLIRT进行刚性矫正,基于FLIRT命令将voxel调整到一个通常的)参考点实现。如下图所示:为所有的fMRI volumes选择一个MCtarget(参考) 将每个volume分别注册到参考 这个MCtarget可以是任何一个volume,不管是第一个/中间层或是几个volume的平均都可以。在FEAT_GUI的操作如下图所示。 利用命令行的代码如下:mc...
这里使用的功能FLIRT:线性变换,FNIRT:非线性变换 但是,无论是分割还是配准,都有局限性:只对 MRI 脑数据有作用,因为FSL 本身就是脑影像数据处理软件。 那我们不做 MRI 脑数据,这个工具还能干什么呢? 以下简单介绍一些通用功能: 4. 使用FSLeyes查看图像 ...