这里提供了三种方式,终端输入flirt可以查看使用说明 我们首先使用第一种flirt -in T1W_brain.nii.gz -ref T2W_brain.nii.gz -out register1.nii.gz -dof 6 -cost corratio 红色是配准后的T1w,和T2w还是没有对的很齐 我们这种从图像直...
为所有的fMRI volumes选择一个MCtarget(参考) 将每个volume分别注册到参考 这个MCtarget可以是任何一个volume，不管是第一个/中间层或是几个volume的平均都可以。在FEAT_GUI的操作如下图所示。利用命令行的代码如下：mcflirt –in [options]其中的option选项如下：-o [specify name of output file; default is ...
这里提供了三种方式,终端输入flirt可以查看使用说明 我们首先使用第一种 flirt -in T1W_brain.nii.gz -ref T2W_brain.nii.gz -out register1.nii.gz -dof 6 -cost corratio 红色是配准后的T1w,和T2w还是没有对的很齐我们这种从图像直接配准到参考空间,只需要一步配准,因此可以叫 single_stage registration...
在这一步中,每一个voxel应该在每个时间点上与稳定的解剖学结构中对应的voxel点相符。FSL中是通过MCFLIRT进行刚性矫正,基于FLIRT命令将voxel调整到一个通常的)参考点实现。如下图所示: 为所有的fMRI volumes选择一个MCtarget(参考) 将每个volume分别注册到参考 这个MCtarget可以是任何一个volume,不管是第一个/中间层...
在这一步中,每一个voxel应该在每个时间点上与稳定的解剖学结构中对应的voxel点相符。FSL中是通过MCFLIRT进行刚性矫正,基于FLIRT命令将voxel调整到一个通常的)参考点实现。如下图所示: 为所有的fMRI volumes选择一个MCtarget(参考) 将每个volume分别注册到参考 这...
通过键入以下内容检查您的路径是否正确 flirt -version 应该显示:FLIRT version 6.0. 版本号可能不同 检查miniconda 环境安装是否成功完成 which imcp 它应该显示如下一行: /usr/local/fsl/bin/imcp 如果以上有不正确的地方,点击上面安装教程去查看解决方案。
点击点击FDT最上面的按钮,选择’Registration’, Bedpost 目录选择被试目录下的‘DTI.bedpost’。激活‘Main structural image’ ,选择被试剥去头皮的高分辨率结构像(mprage_brain),这是Standard space会自动选择相匹配的标准图像,点击’go’。 上面的分析,如果使用命令行,如下:...
FSL 使用 FLIRT (FMRIB's Linear Image Registration Tool) 这一工具进行配准。 1 spm5及以上,使用了一种更牛逼的方法,就是进行对T1图像进行组织分割,把分割后的灰质、白质映射到模板空间中。 1 2 3 个体统计: spm & fsl 都使用了glm来进行分析
FSL 使用 FLIRT (FMRIB's Linear Image Registration Tool) 这一工具进行配准。 1 spm5及以上,使用了一种更牛逼的方法,就是进行对T1图像进行组织分割,把分割后的灰质、白质映射到模板空间中。 1 2 3 个体统计: spm & fsl 都使用了glm来进行分析
5. feat利用flirt进行配准。flirt配准,使用二级配准方式,t2配准到t1,T1再配准到mni152。 guide: 1.在运行feat执行,数据要做这样的预处理: 1.1 结构图像做bet操作,脑壳抽取操作。 2. 选择4D功能图像.nii数据。选择好之后,4d数据的时间维数会自动在total volumes中显示出来。注意一点,就是在feat中,或者说在fsl中...