我们首先使用第一种flirt -in T1W_brain.nii.gz -ref T2W_brain.nii.gz -out register1.nii.gz -dof 6 -cost corratio 红色是配准后的T1w,和T2w还是没有对的很齐 我们这种从图像直接配准到参考空间,只需要一步配准,因此可以叫 sing...
这里提供了三种方式,终端输入flirt可以查看使用说明 我们首先使用第一种 flirt -in T1W_brain.nii.gz -ref T2W_brain.nii.gz -out register1.nii.gz -dof 6 -cost corratio 红色是配准后的T1w,和T2w还是没有对的很齐我们这种从图像直接配准到参考空间,只需要一步配准,因此可以叫 single_stage registration...
- FLIRT(FMRIB's Linear Image Registration Tool)和FNIRT(FMRIB's Non-linear Image Registration Tool):用于图像配准的工具,可以将不同模态或不同时间点的图像对齐。 - BET(Brain Extraction Tool):用于从MRI图像中提取大脑结构。 3. FSL在神经影像学研究中扮演重要角色,因为它提供了从数据预处理到结果解释的完整...
FSL 提供了一系列的工具和算法,用于图像配准、分割、统计分析等。它包括了 BET(Brain Extraction Tool)用于脑部提取,FLIRT(FMRIB's Linear Image Registration Tool)用于图像配准,MELODIC(Multivariate Exploratory Linear Optimized Decomposition into Independent Components)用于独立成分分析等。
good dataset情况下,能取得较好的结果。 所以,应用fsl会导致较多的残差。123 归一化分两种: 直接 间接1fsl& spm 默认使用的配准(归一化)模板是不一样的,spm是基于一个T2模板,而fsl是基于T1模板。FSL使用 FLIRT (FMRIB's Linear Image Registration Tool) 这一工具进行配准。1 ...
flirt -applyxfm -init flair_fsl.mat -in flair_mask.nii.gz -ref T2F.nii.gz -out ROI_1.nii.gz fslmaths ROI_1.nii.gz -thr 0.5 -bin ROI_1.nii.gz # (图像配准)antsRegistration -d 3 -m MI[T2F.nii.gz,flair_fsl.nii.gz,1,32,Regular,0.25] -c [1000x500x250x0,1e-7,5] -t ...
配准: linear (FLIRT) & non-linear (FNIRT) 脑组合分割/提取: brain segmentation/extraction (BET) 组织类型分割: tissue type segmentation (FAST) 皮层下结构分割: subcortical structures segmentation (FIRST) 体素GM 密度分析: voxelwise GM density analysis (FSLVBM) ...
FSL 使用 FLIRT (FMRIB's Linear Image Registration Tool) 这一工具进行配准。 spm5及以上,使用了一种更牛逼的方法,就是进行对T1图像进行组织分割,把分割后的灰质、白质映射到模板空间中。 个体统计: spm & fsl 都使用了glm来进行分析 spm & fsl 的hrf函数建模结果使不同的。
这一步骤使用了FSL中的FLIRT(FMRIB's Linear Image Registration Tool)工具,通过寻找最佳线性变换方式将DTI图像与T1加权影像配准。 3.矫正校准: 由于DTI数据容易受到头部运动和磁场不均匀性等因素的影响,所以需要通过校正来降低这些影响。这一步骤使用了FSL中的eddy_correct工具,对DTI数据进行运动校正。 4.脑组织分割:...
FSL 使用 FLIRT (FMRIB's Linear Image Registration Tool) 这一工具进行配准。 1 spm5及以上,使用了一种更牛逼的方法,就是进行对T1图像进行组织分割,把分割后的灰质、白质映射到模板空间中。 1 2 3 个体统计: spm & fsl 都使用了glm来进行分析