flirt-applyxfm-initT2F_fsl.mat-inROI.nii.gz-refT1C.nii.gz-outROI_1.nii.gz# 应用图像刚性配准得到的仿射矩阵:T2F_fsl.mat,直接对ROI.nii.gz进行仿射,输出刚性配准后标签:ROI_1.nii.gzfslmathsROI_1.nii.gz-thr0.5-binROI_mask_res.nii.gz# -thr设置阈值为0.5,>=0.5==1, <0.5==0,将标签统一...
FLIRT 最简单的用法是将两个单一图像配准在一起。这可以通过在顶部框中选择“输入图像 -> 参考图像”模式,然后在“参考图像”和“输入图像”框中填入相应的图像来完成。结果是一个配准后的图像,它将被保存到“输出图像”框中指定的位置。所有其他选项/框可以保留其默认值。 第二种操作模式是一个两阶段配准,它接...
flirt [options] -in -ref <refvol> -applyxfm -init <matrix> -out 这里提供了三种方式,终端输入flirt可以查看使用说明 我们首先使用第一种flirt -in T1W_brain.nii.gz -ref T2W_brain.nii.gz -out register1.nii.gz -dof 6 -c...
先打开fsl > 点击B按钮,出现CD区,在C中输入 reference image(我的T2w对比度好些,用它做参考图像), DOF(自由度)选择刚体变换,6个自由度。设置输入输出图像地址。D区中的高级选项可以设置代价函数和插值方式,这里我用默认的就行。 使用命令行 flirt [options] -in -ref <refvol> -out flirt [options] -...