为了验证这一点,作者将UMIs包含到TSO序列(以下为FS-UMI)中来修改FS,从而在切断cDNA后生成包含5 ' UMI的读取和不包含UMI的内部读取。作者设计包含UMI的TSO时在3个鸟苷上游添加8个随机核苷酸,这可能有利于链入侵事件的发生,而这可能会影...
SS3 显示映射到内含子特征的 UMI 读取百分比增加,5' UTR 读取减少,与基因参考相比,SS3 去重复的 5' UMI 读数映射到蛋白质编码基因的内含子区域的重要比例以反义方向映射,在去重复的 5' UMI 读数的第一个碱基附近更常观察到“GGG”基序,并且在 >4.25% 的 SS3 去重 5' UMI 读数中观察到 UMI 和上游序列...
多年来,Smart-seq2方法一直被视为单细胞转录组学领域的金标准,因其具有出色的灵敏度和稳定性。之后,Smart-seq3被开发出来,采用分子条形码(UMI)来提高转录本定量的准确性。不过,Smart-seq3仍然比较耗时。 为此,研究人员开发出一种名为FLASH-seq的单细胞RNA测序新方法。与Smart-seq3相比,它具有更高的灵敏度和更...
UMI reads (Fig.2d). When accounting for the partial 5′ match of the UMI and the upstream sequence, this value rose to >10.9% with two mismatches (Fig.2d). The percentage of UMI matching the upstream sequence remained higher in SS3 compared to FS-UMI, when considering the presence of ...