g.在每种细胞类型中检测出的基因多样性(定义为每一种细胞类型重复取样10个细胞100次,计算两个以上细胞中>0读取(包括UMI/内部读取)的基因数量)。 综上,作者提出了一种新的全长scRNA-seq方法,FLASH-seq,通过使用独特的添加剂和酶的组...
SS3 去重复的 5' UMI 读数映射到蛋白质编码基因的内含子区域的重要比例以反义方向映射,在去重复的 5' UMI 读数的第一个碱基附近更常观察到“GGG”基序,并且在 >4.25% 的 SS3 去重 5' UMI 读数中观察到 UMI 和上游序列之间
Full-length scRNA-seq data preprocessing Sequencing adapter leftovers were trimmed using BBDUK (BBMAP, v38.86) in all reads. When required, Umi-tools (v1.1.1) was used to extract UMIs from 5′ UMI reads and trim spacer sequences, FS/SS3 adapters and GGG motifs originating from the TSO. ...
之后,Smart-seq3被开发出来,采用分子条形码(UMI)来提高转录本定量的准确性。不过,Smart-seq3仍然比较耗时。 为此,研究人员开发出一种名为FLASH-seq的单细胞RNA测序新方法。与Smart-seq3相比,它具有更高的灵敏度和更短的手动操作时间。整个操作可在约4.5小时内完成,易于自动化,并且可以轻松缩小规模,以减少资源消耗。
umip pku ospke waitpkg avx512_vbmi2 gfni vaes vpclmulqdq avx512_vnni avx512_bitalg avx512_vpopcntdq la57 rdpid cldemote movdiri movdir64b fsrm md_clear serialize tsxldtrk arch_lbr amx_bf16 avx512_fp16 amx_tile amx_int8 arch_capabilities Versions of relevant libraries: [pip3] ...
(q, k_cache, v_cache, k, v, cache_seqlens): return torch.empty_like(q) assert torch.allclose( flash_attn_with_kvcache(q, k_cache, v_cache, k=k, v=v, cache_seqlens=cache_seqlens), torch.ops.mylib.custom_func(q, k_cache, v_cache, k, v, cache_seqlens), ) torch....
__interrupt void adc_isr(void); // User defined int PRD; float freq; float ADCgain; float vref; float vref1; float iref; float errorvoltage; float errorcurrent; float dutycycle; float saturation; float KpV; float KiV; float KpI; float KiI; float Ta; float esum...
umi是与衔接子或索引引物上的条形码相邻的简并序列(例如nnnnnnnnnnnn)。如果置于索引引物上,在索引pcr的第一个循环中,样品中的各单个分子将用含有相同条形码但不同的唯一umi的引物扩增。在随后的循环中,将扩增umi序列。当对文库进行测序时,对每个测序片段计数的umi数量表明核酸酶处理后原始样品中存在的该片段的拷贝...
sd3Zy2dk7TknJ6O3jK7Hz7Oz89s7+Pq4AvG1KZLMuziRMrZmcWXYluUMi61uHRcXlMGL8+V8/KZRnCuWZwQMDTK0hkynwgmQwinNpBR8kkEr1nZpZUWLngYEhsnG0vKKWVVoFpIFT6O5eXnR0/NrGgZWlNabWhIVFicemgEDx2GRYWJQSO5eNowEBwejC5hMLS2g8qydWmFpjbWWzs3esxM5trG3e9277gxDo5ubh6+NfXFKBqTV2tvbQn1O9fHjDEkytCQgIFghl8IDO...
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