下面是一些常见的featurecounts参数及其含义: 1. -t <feature_type>:设置要计数的特征类型,如gene、transcript、exon等。默认为gene。 2. -g <attribute_type>:设置要使用的特征属性类型。对于基因,可以使用gene_id、gene_name等;对于转录本,可以使用transcript_id、transcript_name等。默认为gene_id。 3. -a <...
-g或--attributeType。指定注释文件中特征的名称。默认为gene_id。 2.分析参数 分析参数指的是FeatureCounts进行基因表达分析时所使用的统计方法和计数方法等。在FeatureCounts中,分析参数有以下几个: -s或--strandness。指定测序方向。默认为0(自动检测),1(反义链),2(正义链)。 -m或--minOverlap。指定reads与特...
featureCounts真的很厉害。 常见的参数(没什么好说的,毕竟是固定的): 1 2 3 4 5 6 7 8 -a -o input_file1 -F -t -g -Q -T 关键是以下几个参数怎么设置: 1 2 3 4 5 6 7 -f # Perform read counting at feature level -O # Assign reads to all their overlapping meta-features -M # ...
一般转录组数据使用以下命令: featureCounts -p -t exon -g gene_id -a annotation.gtf -o counts.txt mapping_results_SE.bam 下面用不同的参数对同一批转录组数据计数结果:### ##情况1: featureCounts -T 5 -p -s 2 -t gene -g gene_id -a genome.gtf -o all_matrix ./*bam #[all_matrix.s...
1、当我们想对feature水平进行统计的时候,需要设置-f参数 featureCounts -T 10 -a $gtf -o read.count -p -B -C -f -t exon -g gene_id *.bam 2、当我们想对meta-feature水平进行统计的时候,不能设置-f参数 featureCounts -T 10 -a $gtf -o read.count -p -B -C -f -t exon -g gene_id...
featureCounts -t exon -g gene_id -a annotation.gtf -o counts.txt library1.bam library2.bam library3.bam -a 参数指定的区间注释文件,默认是 gtf 格式;-T 参数指定线程数, 默认是 1;-t 参数指定想要统计的 feature 的名称,取值范围是 gtf 文件 中的第 3 列的值,默认是 exon;-g 参数 指定想要统...
featureCounts的参数有点多,可用-h先查看下 ~/biosoft/subread/subread-1.6.0-Linux-x86_64/bin/featureCounts -h 按照官网教程简单使用下: ~/biosoft/subread/subread-1.6.0-Linux-x86_64/bin/featureCounts -T 6 -p -t exon -g gene_id -a ~/annotation/mm10/gencode.vM13.annotation.gtf -o SRR35899...
基本表达式 featureCounts [options] 参数说明 使用示例: $ /home/software/subread-2.0.2-Linux-x86_64/bin/featureCounts -T 5 -t exon -g gene_id -a/path-to-gtf/ERCC.gtf-o /path-to-output/all.id.txt*.bam1>counts.id.log 2>&1 链接:https:/...
基因/转录本/任意特征 表达定量工具之featureCounts使用方法 | 参数详解 featureCounts真的很厉害. 常见的参数(没什么好说的,毕竟是固定的): -a -o input_file1 -F -t -g -Q -T 关键是以下几个参数怎么设置: -f # Perform read counting at feature level -O # Assign reads to all their overlapping ...