RNA-seq入门(三)比对、输出表达矩阵
在RNA-seq数据分析中,第一步就是评价所获得的数据能不能用,这一步就叫做质量控制(Quality Control, QC)。 本文主要介绍最常见的质控工具FastQC以及其输出结果的解读。软件安装推荐用conda,在Linux里命令如下 conda install fastqc FastQC使用 fastqc --help# 查看帮助文档# 基本用法fastqc[-o output dir][--(no)...
在RNA-seq数据分析中,数据能否使用是最基本的问题,因此进行质量控制(Quality Control, QC)是不可或缺的步骤,今天小果介绍了一个高效好用的软件工具——fastqc,它可是转录组数据质控的得力的助手。 FastQC是一个免费使用的质量控制工具,能够对高通量测序数据进行快速、准确的评估。在这篇文章中,小果将以拟南芥转录组...
碱基类型分布检查用于检测有无AT、GC分离现象,由于RNA-Seq所测的序列为随机打断的cDNA片段,因随机性打断及碱基互补配对原则,理论上,G和C、A和T的含量每个测序循环上应分别相等,且整个测序过程稳定不变,呈水平线。由于Reads 5'端的前几个碱基为随机引物序列存在一定的偏好性,因此会在碱基分布图中出现前端波动较大...
FastQC是一个免费使用的质量控制工具,能够对高通量测序数据进行快速、准确的评估。在这篇文章中,小果将以拟南芥转录组数据为例,详细介绍FastQC在RNA-seq数据质控方面的应用。 安装fastaqc conda create –name fastqc###创建环境 conda activate fastqc###激活环境 ...
用fastqcsalmon做RNA-seq 1. fastqc 使用fastq-dump生成的.fq.gz文件走fastqc做质控(单端数据) cat SRR_Acc_List.txt,while read id ; do fastqc -t 10 -o ./ $id.fq.gz ; done 运行后会生成fastqc.zip结尾的文件和html的报告 2. 过滤会介绍两种软件trimmomatic和trim_galore,这里使用的输入文件都要用...
一般测序在初步生成fastq文件时候,adapter会被去除,但是有的会没有去除或者遗漏部分adapter。所以这一步是检测RNA-seq测序过程中adapter是否去除。如果没有去除会严重影响后续的比对工作。没有去除的adapter在质量处理环节会被处理掉。 Adapter Content multiqc质量报告 ...
FastQC是一个免费使用的质量控制工具，专门用于高通量测序数据的快速、准确评估。适用于RNA-seq数据质量控制。本文将使用拟南芥转录组数据为例，详细说明FastQC在RNA-seq数据质控的应用。安装FastQC：首先，创建并激活FastQC环境：conda create –name fastqc conda activate fastqc 然后，使用生物统计学软件包...
随着测序成本的不断降低,RNA-seq已经是许多实验的标配。经过小编一段时间的准备,接下来的几周时间里,将推出一系列的转录组分析教程,教大家从零开始学习转录组分析,欢迎大家持续关注! 在拿到测序数据后,我们首先要了解手中数据的质量,因为测序的质量直接影响下游分析的准确性,所以在我们进行转录组数据分析前,第一步应...
本系列学习笔记数据均来自”Temporal dynamics of gene expression and histone marks at the Arabidopsis shoot meristem during flowering“,原文用RNA-Seq的方式研究开花阶段,芽分生组织不同时期的基因表达量变化,4个时间段(0, 1, 2, 3),4个重复,共有16个样品。点击这里获取文献 1. 读文章获得RNA-Seq数据 从...