fastqc由Babraham Bioinformatics团队出品(该团队的一些官方教程:bioinformatics.babraham.ac.uk),简单来说fastqc就是用来生成高通量测序原始数据可交互式质控报告的工具,而对建库方式、文库来源其实无特异性要求(Genomic Sequencing, ChIP-Seq, RNA-Seq, BS-Seq均可)。其在Windows、Macos、Linux系统中均有对应发行版本。
RNA-seq入门(三)比对、输出表达矩阵
在RNA-seq数据分析中,数据能否使用是最基本的问题,因此进行质量控制(Quality Control, QC)是不可或缺的步骤,今天小果介绍了一个高效好用的软件工具——fastqc,它可是转录组数据质控的得力的助手。 FastQC是一个免费使用的质量控制工具,能够对高通量测序数据进行快速、准确的评估。在这篇文章中,小果将以拟南芥转录组...
fastqc由Babraham Bioinformatics团队出品(该团队的一些官方教程: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/training.html ),简单来说fastqc就是用来生成高通量测序原始数据可交互式质控报告的工具,而对建库方式、文库来源其实无特异性要求(Genomic Sequencing, ChIP-Seq, RNA-Seq, BS-Seq均可)。其在Windows、Macos...
FastQC是一款基于Java的软件,可以快速多线程地对测序数据(基因组测序、ChIP-Seq、RNA-Seq、BS-Seq等)进行质量评估(Quality Control)。 MultiQC将多个样本的生物信息学分析结果汇总到一份报告中。它在给定的目录中搜索analysis logs,并汇编一个HTML报告。这是一个通用工具,非常适合汇总众多生物信息学工具的输出。运行时...
FastQC——高通量测序质量控制工具。用于检查原始数据以确认是否存在质量问题或偏差。它可以作为交互式应用程序用于少量文件的即时分析,也可以非交互式地运行,适合于作为大规模分析流程的一部分。FastQC与特定的测序技术无关,因此可以用于查看各种组学的测序数据(包括不限于 WGS、WES、RNAseq、ChIP-seq、BS-Seq等) ...
fastqc-o/root/HGJ_RNAseq/*.fq.gz 然后就开始一个文件一个文件处理,时间长短和文件大小、个数以及计算机配制有关,我这里的数据30分钟左右。 处理结束后,查看输出路径下的文件信息。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 ll-h/root/HGJ_RNAseq/ ...
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/training.html ),简单来说fastqc就是用来生成高通量测序原始数据可交互式质控报告的工具,而对建库方式、文库来源其实无特异性要求(Genomic Sequencing, ChIP-Seq, RNA-Seq, BS-Seq均可)。其在Windows、Macos、Linux系统中均有对应发行版本。主要功能如下 ...
FastQC是一个免费使用的质量控制工具，专门用于高通量测序数据的快速、准确评估。适用于RNA-seq数据质量控制。本文将使用拟南芥转录组数据为例，详细说明FastQC在RNA-seq数据质控的应用。安装FastQC：首先，创建并激活FastQC环境：conda create –name fastqc conda activate fastqc 然后，使用生物统计学软件包...
在面对FastQC报告中kmercontent不佳的问题时，首先需要明确你所操作的是RNA-seq还是Chip-seq。针对RNA-seq，若kmer的过表达与某个基因的过表达相吻合，这可能是有意义的发现，可能需要进一步分析是否基因表达异常所致。同时，仔细查看duplicate项目，判断是否存在重复序列问题。通常情况下，kmer的异常可能与测序...