然后使用如下命令行: sra_sdk-2.0.0rc1/linux/rel/gcc/x86_64/bin/fastq-dump -A SRR034580 -D SRR034580.sra 这样就可以很简单的把sra格式转成fastq格式了。 转换.sra 文件成 .fastq/fasta 文件 #single-end 单端测序 .../fastq-dump DRR000003.sra # 结果生成DRR000003.fastq .../fastq-dump --fast...
[b20223040323@admin1 test02]$time fasterq-dump -e48-p --split-3SRR3156163.sra -O result ## -p显示进度, -O参数指定输出目录, -e线程join :|---100%concat :|---100%spots read :51,332,776reads read :102,665,552reads written :102,665,552real 0m31.166s user 4m37.099s sys 1m7.211s...
这个命令需要fastq-dump,所以我还是安装在系统环境: sudo apt install parallel-fastq-dump parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files --gzip --threads 4设置线程为4 实测parallel-fastq-dump...
2、转换格式 使用基本命令行 ./sratoolkit.2.9.2-centos_linux64/bin/fastq-dump /path/to/xxx.sra 但是这个默认使用方法得到结果往往很糟, 比如说他默认会把双端测序结果保存到一个文件里, 但是如果你加上--split-3之后, 他会把原来双端拆分成两个文件,但是原来单端并不会保存成两个文件. 还有你用--gzip...
fastq-dump的使用方法 它能将特定格式的数据转换为 fastq 格式。使用 fastq-dump 前要确保相关环境已准备好。这个工具在生物信息学中较为常见。Fastq-dump 有多种参数可设置。不同的参数会产生不同的结果。运行 fastq-dump 需要一定的命令行知识。它可以从特定的数据源提取数据。了解输入数据的格式对使用 fastq-...
在我们下载好.sra格式的测序数据后,一般用fastq-dump将其转换为FASTQ格式,其实也可以转换为FASTA格式,只需添加参数 --fasta 即可2. SAM与BAM SAM(Sequence Alignment/Map)产生于序列比对结果,它是储存大型核苷酸比对文件的通用格式。它有如下的特点: 能够灵活地存储各种对齐程序生成的所有对齐信息 能够方便地由对齐...
fastq-dump转换SRA文件到fastq文件很慢,并行版本成为趋势; 无论怎么换,先要打好基础,使用并行版本的前提是要保证NCBI的fastq-dump可以在服务器上正常运行。 首先安装Sratoolkit的最新版(v.2.9.2): mkdir -p /path-to-Sratoolkit/ && cd /path-to-Sratoolkit/ ...
将下载的SRA文件转换成fastq或者fasta文件 1. 普通双端拆分 fastq-dump --split-files filename.sra 将SRA文件转换成R1和...
fastq-dump是sratoolkit中的一个工具,用于将SRA格式的数据转换为FASTQ格式。基本用法如下: bash fastq-dump --split-files --gzip SRR_accession_number 其中,--split-files选项用于将双端测序数据拆分为两个文件(如果适用),--gzip选项用于输出gzip压缩的文件。
--fasta:如果下游分析只需要用到fasta文件。当然了也有很多方法能够把fastq转换成fasta,比如说samtools.(嗯,偷懒必备技能~) 后记: 因为接下来会做蛮多的转录组或者基因组相关的工作,fastq-dump软件简直是大宝天天见,就像我陈飞师兄说的一样garbage in, garbage out这第一步就出了岔子后续再怎么分析都是白搭(突然想...