[b20223040323@admin1 test02]$time fasterq-dump -e48-p --split-3SRR3156163.sra -O result ## -p显示进度, -O参数指定输出目录, -e线程join :|---100%concat :|---100%spots read :51,332,776reads read :102,665,552reads written :102,665,552real 0m31.166s user 4m37.099s sys 1m7.211s...
然后使用如下命令行: sra_sdk-2.0.0rc1/linux/rel/gcc/x86_64/bin/fastq-dump -A SRR034580 -D SRR034580.sra 这样就可以很简单的把sra格式转成fastq格式了。 转换.sra 文件成 .fastq/fasta 文件 #single-end 单端测序 .../fastq-dump DRR000003.sra # 结果生成DRR000003.fastq .../fastq-dump --fast...
默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra 想的是后续再单独转成fastq格式 下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口...
对于双端数据转换,转换后文件是fq.gz: for id in *sra; do pfastq-dump --threads 8 ./$id --split-3 --gzip; done 直接用sra号下载并解压fastq文件,但是推荐下载好文件再使用fastq_dump转换,且文件后缀是.sra(请注意): 单端数据: for id in SRR799545 SRR799544; do pfastq-dump --threads 10 -...
$ fastq-dump SRR2090164.sra --split-3 --gzip -O ./ (结果生成:SRR2090164_1.fastq.gz, SRR2090164_2.fastq.gz) 2、pfastq-dump 让转换速度提升数倍 1)下载pfastq-dump $ git clonehttps://github.com/inutano/pfastq-dump $ cd pfastq-dump/bin/ ...
https://vip./d/215-如何使用fastq-dump转换sra格式 https://www./p/251020/#251029 https://github.com/ncbi/sra-tools https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloads https://www./p/91885/...
但如果使用BWA比对，则必须转换成fastq格式。pfastq-dump支持多线程拆分，相比于NCBI 工具fastq-dump效率...
NCBI上下载的原始数据为SRA数据,而适用于大部分生物软件的是fastq格式,所以我们需要将sra格式的原始数据转为fastq格式。NCBI提供了数据转换的软件fastq-dump。 1、下载软件 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz ...
利用fastq-dump文件可以将sra文件直接转换为fastq格式,注意,如果是illumina的双末端测序,需要添加 --split-files选项,如果需要压缩格式,需要添加 --gzip选项。最终会生成SRR8651554_1.fastq.gz,SRR8651554_2.fastq.gz两个文件。 fastq-dump --split --gzip ~/ncbi/public/sra/SRR8651554.sra ...
fastq-dump是sratoolkit中的一个工具,用于将SRA格式的数据转换为FASTQ格式。基本用法如下: bash fastq-dump --split-files --gzip SRR_accession_number 其中,--split-files选项用于将双端测序数据拆分为两个文件(如果适用),--gzip选项用于输出gzip压缩的文件。