首先从NCBI官网trace.ncbi.nlm.nih.gov/ 下载SRA软件 下面这条命令可以得到后缀为1和2的两个fastq文件 fastq-dump -I --split-files SRR390728 如果是直接下载了.sra文件,可以用如下命名得到paired end fastq文件 fastq-dump --split-files --split-3 SRR1813404.sra...
I have downloaded SRR files (using prefetch). It says on the ncbi website that all of my runs have 2 reads per spot, but when I for example run SRR8743324 with: ./bin/fastq-dump --split-files SRR8743324, I only get one single fastq outpu...
方法二:可以先用sra-stat对sra文件进行统计,从统计结果里可以知道是单末端还是双末端。 方法三:直接跑fastq-dump,用参数--split-files就自可以自动分辨出来,结果是一个文件就是single end,两个文件就是paired end。 方法四:fastq-dump的--split-spot可以用来分辨 srr="SRR3184279" numLines=$(fastq-dump -X 1...
Samplexx:样本名,与上机时在sampleSheet中填写的一致; S53:S后跟的数字与样本在sampleSheet中的顺序一致,从1开始; L002:L00*,lane编号; R1:R*,R1表示read1,R2表示read2。R1和R2为paired end reads。同一个样本的配对的FASTQ,只有这个地方不同; 001:001,通常为001; Undetermined_S0_L001_R1_001.fastq.gz:...
fastq-dump --gzip --split-3 -o ./ /SRR1039508.sra 便开始生成SRR1039508_1.fastq.gz文件。 1.2 直接wget 这是一个研究对象为拟南芥的文章,所有的fastq数据存放于此, ID为E-MTAB-5130。 先获取.txt文件,再提取出URL,wget下载。 wget http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/files/E-MTAB-5130/E-MTAB-51...
双端测序(PAIRED)数据: fasterq-dump --split-files SRR2061752.sra 参考: https://www.jianshu.com/p/26f6083f0e7f https://www.jianshu.com/p/88b2852d4573 https://www.biostars.org/p/334930/ https://zhuanlan.zhihu.com/p/577913028
fastq-dump -I --split-files SRR390728 Produces two fastq files (--split-files) containing ".1" and ".2" read suffices (-I) for paired-end data. --split-spot Split spots into individual reads. 一.SRA数据库: NCBI网站储存二代测序原始数据的数据库. ...
usage: fasterq_dump [-h] [-f FILE] [-k] [-t] [-w] [-m] [-u {all,curl,wget,prefetch}] [--log] [accessions [accessions ...]] A program to run fastq-dump sequentially on a list of accession numbers. Will automatically detect if reads are single- or paired-end and will run...
[mem_sam_pe]paired reads have different names:"SRR1553500.11772","SRR1553500.43775" 你会发现这里产生了错误。这个错误说的是配对的read名字不同。导致问题的原因是:samtools fastq会按照fastq在bam里原本的顺序进行提取,而按照位置排序的bam的两个配对read并不是前后紧挨着的。所以我们需要进行一波排序。
可以先用fastq-dump -h看一下帮助文件,分为如下几个部分: 输入: -A|—accession 序列号 处理中: Read Splitting, Full Spot Filters, Common Filters, Filters based on alignments, Filters for individual reads。 基本都是些过滤参数。不太常用 输出: -O|—outdir 输出文件夹, -Z|—stdout 输出到标准输出...