[fqfilter] fastp = /mnt/data/software/fastp fastp_opts = -w 16 -q 15 -u 40 -n 5 -l 15 fastp:指定分析使用的fastp软件的路径 fastp_opts:fastp的参数 这么做可以使得软件版本的更替和参数的设置不影响嵌入的分析流程。 封装后的输出 clean_{SampleName}.fq.gz:过滤后的fq文件,默认添加“clean_”...
5. 去除reads两端的部分碱基 fastp支持从reads的3’端和5’端去除固定个数的碱基,对于单端数据,-f指定从5’端去除的碱基数,-t指定从3’端去除的碱基数;对于双端数据,用-f和-F参数分别指定R1序列5’端去除的碱基数,用-t和-T参数分别指定R2序列3’端去除的碱基数。 6. 去除polyG/polyX fastp支持去除序列...
-n 过滤N碱基过多的reads，如果N碱基含量⼤于n，这条read/pair将被舍弃，默认5；## 长度过滤选项 -L 关闭reads长度过滤选项；-l 接⼀个长度值，⼩于这个长度reads被丢掉，默认是15，这个在处理⾮illumina测序数据时很有⽤。## 低复杂度过滤 -y, --low_complexity_filter 使⽤低复杂度过滤，这...
");//第二个数组}}以上代码中，运行时输入：1,2,3,5,4(空格)3,2,5,3,5则得到str1=1,2,3,5,4；str2=3,2,5,3,5然后将这两组字符串用逗号分开得出String数组，再举行转换即可。
5. 去除reads两端的部分碱基 fastp支持从reads的3’端和5’端去除固定个数的碱基,对于单端数据,-f指定从5’端去除的碱基数,-t指定从3’端去除的碱基数;对于双端数据,用-f和-F参数分别指定R1序列5’端去除的碱基数,用-t和-T参数分别指定R2序列3’端去除的碱基数。
-z 5 设置gzip压缩级别,默认4,1~9 1快-9小 --json 设置输出json文件名 --html 设置输出html文件名 2.2 使用循环批量处理 注意:一定要修改默认的输出文件名,不然后面的输出会覆盖前面的默认文件名 #!/bin/bash for i in 71 72 75 76 78 79;do ...
cutadapt -a -A #a是read1的3'接头,A是read2的3'接头(5'接头的反向互补序列) -e 0.1 -0.5 -m 50 #去除接头后read长度大于50才保留 -o -p #生成文件:过滤后的R1 R2 read1.fastq read2.fastq #输入文件 本次分析没用,所以详细参数可以阅读--help ...
章学春目前担任温州华乐洁家纺有限公司、温州华乐洁家纺有限公司河北分公司法定代表人,同时担任温州华乐洁家纺有限公司执行董事兼总经理;二、章学春投资情况:章学春目前是温州华乐洁家纺有限公司直接控股股东,持股比例为69.05%;章学春间接持股企业6家,包括投资浙江温州瓯海农村商业银行股份有限公司、投资占比达0.08%,晋州...
任克云目前担任荆州市华乐洁家纺有限公司法定代表人,同时担任荆州市华乐洁家纺有限公司执行董事兼总经理;二、任克云投资情况:任克云目前是荆州市华乐洁家纺有限公司直接控股股东,持股比例为80%;目前任克云投资荆州市华乐洁家纺有限公司最终收益股份为80%;三、任克云的商业合作伙伴:基于公开数据展示,任克云与林玲玲为...