conda install -c bioconda fastp 二、使用 #过滤接头以及低质量碱基相关参数默认开启 #输入双端序列文件支持SE/PE,可以是.fq/.fq.gz格式,fastp最多可用16个线程 #输出会同时产生HTML以及JSON格式文件 fastp -i <in.R1.fq.gz> -I <in.R2.fq.gz> -o <out.R1.fq.gz> -O <out.R2.fq.gz> --thre...
fastp -i in.fq -o out.fq #双端序列,-i 输入前端序列,-I 输入后端序列;-o 输出前端序列,-O 输出后端序列,-w 调用线程数 nohup fastp -i test1.fq.gz -I test2.fq.gz -o test_clean_1.fq.gz -O test_clean_2.fq.gz -w 10 & #很显然,fastp支持fastq和压缩的fastq文件即gz #多个样本使用...
fastp批量用法 fastp是一个快速、灵活的开源工具,用于处理FASTA和FASTQ格式的基因序列数据。它支持批量处理,可以同时处理多个序列文件,大大提高了处理效率。 要使用fastp进行批量处理,首先需要编写一个包含所有序列文件的列表的文本文件,每个文件名占一行。然后将该列表文件作为输入传递给fastp命令,并指定要执行的操作。
fastp用法Fastp是一个用于快速预处理(质量控制、去除接头等)高通量测序数据的工具。它支持处理Illumina平台产生的数据,可以在命令行中使用。以下是一个简单的Fastp用法示例: fastp -i input.fastq -o output.fastq -h report.html -j report.json 上述命令中,-i参数指定输入的FASTQ文件,-o参数指定输出的FASTQ文件...
git clone https://github.com/OpenGene/fastp.git cd fastp make make install 2、编译好版本 wget http://opengene.org/fastp/fastp chmod a+x fastp 五、软件使用: -i,-I是输入文件 -o,-O是输出文件,软件默认是根据扩展名识别压缩文件,所以输出文件需要加上*.gz扩展名; ...
质控软件非常多,有 FastQC,Cutadapt, Trimomatic 等,通常需要多款软件共同配合使用,这难免过于繁琐,在实际项目中,推荐用fastp[1],根据官网介绍,这是一款处理 FASTQ 文件的 all-in-one 软件,质控用它就够了,下面是扩增子数据的质控命令。 代码语言:javascript ...
awk '{print "fastp -i "$1".fastq.gz -I "$2".fastq.gz -o "$1".clean.fq.gz -O "$2".clean.fq.gz -h "$3".html &"}' sample.txt >command_fastp.sh #5,看看command_fastp.sh文件 #6,运行脚本 sh command_fastp.sh #7,或者将步骤3-6改为使用for循环: for i in {1..3};do ...
第一步:Fastp的安装 首先,要使用Fastp,我们需要在计算机上安装它。Fastp可以在Linux、Mac和Windows等操作系统上运行。用户可以从Fastp的官方网站( 第二步:Fastp的输入文件 在运行Fastp之前,我们需要准备输入文件。输入文件可以是单个FASTQ文件或一对配对的FASTQ文件。我们可以使用常见的文本编辑器打开FASTQ文件,查看和检查...
输入文件可以是单个fastq文件或多个fastq文件,Fastp将会自动识别文件并处理。 步骤二:数据修剪和去除污染序列 质量控制之后,我们可以进一步对数据进行修剪和去除污染,以提高数据质量和减少干扰。 Fastp支持以下修剪和去除污染的选项: -修剪低质量碱基:使用`trim_poly_x 10`参数可以将低质量碱基从序列末端修剪掉。其中,`...
质控软件非常多,有 FastQC,Cutadapt, Trimomatic 等,通常需要多款软件共同配合使用,这难免过于繁琐,在实际项目中,推荐用fastp,根据官网介绍,这是一款处理 FASTQ 文件的 all-in-one 软件,质控用它就够了,下面是扩增子数据的质控命令。 /path/to/fastp -i $fq1 -I $fq2 \ ...