fastp程序是海普洛斯陈实富团队基于C++语言编写开发的FASTQ文件高效预处理工具(https://github.com/OpenGene/fastp),fastp程序体积小、支持多线程处理,且比Trimmomatic和Cutadapt等其它序列预处理工具更快。fastp于2018年9月发表在Bioinformatics期刊上,至2024年11月7日,引用次数高达15000+,文献引用参考:Shifu Chen, Yanqing...
conda install -c bioconda fastp 二、使用 #过滤接头以及低质量碱基相关参数默认开启 #输入双端序列文件支持SE/PE,可以是.fq/.fq.gz格式,fastp最多可用16个线程 #输出会同时产生HTML以及JSON格式文件 fastp -i <in.R1.fq.gz> -I <in.R2.fq.gz> -o <out.R1.fq.gz> -O <out.R2.fq.gz> --thre...
#安装方式一: 下载编译好二进制(仅适用于linux系统) wget http://opengene.org/fastp/fastp chmod a+x ./fastp #安装方式二: 源码编译 git clone https://github.com/OpenGene/fastp.git cd fastp make sudo make install fastp输入输出 单端数据:read1通过-i或--in1输入,-o或者--out1特异性输出 双端数...
@文心快码conda安装fastp 文心快码 要在Conda环境中安装fastp,你可以按照以下步骤操作: 打开命令行界面: 打开你的终端或命令提示符。 输入安装fastp的命令: 使用Conda的conda install命令来安装fastp。由于fastp可能不在Conda的默认仓库中,你需要使用Bioconda频道,这是一个专门提供生物信息学软件的Conda频道。首先,你需要...
Linux服务器安装fastp,Hisat2, samtools和Htseq 佳名关注IP属地: 上海 2024.10.17 13:03:15字数24阅读313 source ~/miniconda3/bin/activate conda install fastp hisat2 htseq samtools Channels: - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda - defaults Platform: linux-64 Collecting ...
fastp 在2018.12.3的版本 安装过程 在此网站https://github.com/OpenGene/fastp#simple-usage或在http://opengene.org/下载名为fastp的文件就可以直接运行 试用 simple usage for single end data (not compressed) fastp -i in.fq -o out.fq for paired end data (gzip compressed) ...
过滤和质控 第一步:fastp、fastqc软件安装 conda install fastp conda install fastqc 第二步:查看软件路径 #fastp速度更快可以进行质控+过滤,fastqc只进行质控 which fastp which fastqc 第三步:质控+过滤
fastp 安装报错 参考如下链接: https://itbilu.com/linux/management/NymXRUieg.html 将原文的目录替换成自己的目录 看如下代码: fastp-h fastp:/trainee/Last13/miniconda3/envs/rnaseq/bin/../lib/libstdc++.so.6:version `GLIBCXX_3.4.22' not found(required by fastp) ...
安装 (rnaseq) root 11:37:12 ~ $ conda install -y fastp Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.9.2 latest version: 4.10.1 ...