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执行安装 sudo make install # 构建libdeflate,详情见https://github.com/ebiggers/libdeflate git clone https://github.com/ebiggers/libdeflate.git cd libdeflate make sudo make install # 构建fastp,由master/release获取源代码 git clone https://github.com/OpenGene/fastp.git cd fastp make sudo make ...
+ cutadapt + Trimmomatic 这三个软件加起来的功能还多很多的功能,而且速度上比仅仅使用Trimmomatic一个软件还要快3倍左右,因为它使用C++开发,处处使用了高效算法,而且完美支持多线程!正因为其强大的功能和飞快的速度,其github项目在第一个版本发布至今才一个月左右,就已经收到了50多个star,这在生信软件小领域里面算...
### 安装libdeflate ### git clone https://github.com/ebiggers/libdeflate.git cd libdeflate cmake -B build cmake --build build cmake --install build ### 安装fastp ### # 抓取源码: git clone https://github.com/OpenGene/fastp.git # 编译: cd fastp make # 安装: sudo make install ...
### 安装libdeflate ### git clone https://github.com/ebiggers/libdeflate.git cd libdeflate cmake -B build cmake --build build cmake --install build ### 安装fastp ### # 抓取源码: git clone https://github.com/OpenGene/fastp.git # 编译: cd fastp make # 安装: sudo make install ...
Github:https://github.com/OpenGene/fastp 二、软件安装 1. conda或mamba 代码语言:bash AI代码解释 # conda安装$ condainstall-cbioconda fastplong# mamba安装$ mambainstall-cbioconda fastplong 2. 二进制文件的安装 如果因为网络问题在服务器上无法直接下载,可以下载到本地然后上传服务器。
联系支持:如果问题依旧无法解决,可以考虑联系fastp的开发者或社区寻求帮助。fastp的GitHub页面是一个获取帮助的好地方,同时也有许多生物信息学论坛和社区可以提供支持。 额外资源: fastp的GitHub页面:OpenGene/fastp 生物信息学相关论坛和社区,如Biostars、SeqAnswers等,也是寻求帮助的好地方。
fastp是最近新出的一款NGS数据质量过滤工具,相比传统的QC工具,有两个主要特点,第一个就是运行速度快,第二个就是提供了质控前后数据详细统计结果。github地址如下 https://github.com/OpenGene/fastp 安装过程如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 wget http://opengene.org/fastp/fastp ...
如果你还没有使用fastp,马上登陆项目的网址去了解并使用吧: https://github.com/OpenGene/fastp fastp可以通过多种方式安装,推荐使bioconda安装,请参考: https://anaconda.org/bioconda/fastp 如果你喜欢自己捣鼓代码,可以选择自己编译; 如果你图简单,可以直接下载我们预编译好的版本:...