fastp支持去除序列3’端的尾巴,只有对于NextSeq/NovsSeq的数据,fastp会自动去除polyG尾,--poly_g_min_len指定ployG的最小长度,-g参数强制对所有数据去除polyG尾,-G参数禁止去除polyG尾。默认情况下,fastp不会去除polyX尾,可以添加-X参数,同时使用--poly_x_min_len指定polyX的最小长度,默认值都为10。 7. ...
3. 数据过滤(Data Filtering): 根据质量得分对序列进行过滤,去除低质量读段。 4. 序列修剪(Read Trimming): 按照指定的质量门限裁剪读段,去除了质量过低的部分。 5. 多线程支持: 支持多线程处理,能够加速数据处理速度,适合大规模数据集。 使用说明 安装fastp 在Linux 系统中,通过 conda 或从 GitHub 上下载可...
新的fastp实现了一种快速、准确且内存高效的基于FASTQ级别的去重。图3简要说明了fastp去除重复读长的方法。 图3. fastp如何确定读长是唯一的还是重复的 如图3所示,使用多个布隆过滤器数组(例如三个),每个数组都有L个位。为每个数组定义了一个哈希函数。哈希函数将读长序列映射到一个整数p ∈ [0, L)上;因此,读...
1, UMI preprocessing (--umi) 2, global trimming at front (--trim_front) 3, global trimming at tail (--trim_tail) 4, quality pruning at 5' (--cut_front) 5, quality pruning by sliding window (--cut_right) 6, quality pruning at 3' (--cut_tail) 7, trim polyG (--trim_poly_...
第一步:下载 miniconda3 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 第二步:配置执行权限 #7=4+2+1 r=4,w=2,x=1 可读可写可运行 chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #举例:-rw-r--r-- 第一个rw代表自己可读可写,第二个r代表用...
1、fastp可以实现处理数据的⼀次性处理，包括过滤低质量，过滤adapter，截取reads，split分割⼤⽂件等操作 2、⽀持长reads，也就是不仅仅适⽤与illumina测序平台，还可以处理Pacbio和Ion torrent的测序数据 3、直接输出质控和统计报告，包括json格式和html格式；4、使⽤c++写的，执⾏效率⾮常⾼；1.2....
【块】生信上游-3 fastp 这一篇只是fastp的官方manual,后面再放实操。 1. 主要功能 质量检测 排除质量较差的reads 剪掉质量低的碱基片段 reads首尾剪切 校正低质量碱基 polyG、polyX剪切 UMI转化为序列名 将结果输出为多个文件,方便后续多线程分析 支持STDIN/STDOUT的管道操作...
String[] arr1 = str1.split(",");//第一个数组String str2 = scan.next();String[] arr2 = str2.split(",");//第二个数组}}以上代码中，运行时输入：1,2,3,5,4(空格)3,2,5,3,5则得到str1=1,2,3,5,4；str2=3,2,5,3,5然后将这两组字符串用逗号分开得出String数组，...
图3. fastp如何确定读长是唯一的还是重复的 如图3所示,使用多个布隆过滤器数组(例如三个),每个数组都有L个位。为每个数组定义了一个哈希函数。哈希函数将读长序列映射到一个整数p ∈ [0, L)上;因此,读长R将被映射到p1、p2和p3。如果Array1[p1]、Array2[p2]和Array3[p3]都是正数,则将R标记为重复;否则...
fastp支持从reads的3’端和5’端去除固定个数的碱基,对于单端数据,-f指定从5’端去除的碱基数,-t指定从3’端去除的碱基数;对于双端数据,用-f和-F参数分别指定R1序列5’端去除的碱基数,用-t和-T参数分别指定R2序列3’端去除的碱基数。 6. 去除polyG/polyX ...