GitHub - ncbi/sra-tools: SRA Toolsgithub.com/ncbi/sra-tools 1.1 安装 尝试用conda安装: conda install -y sra-tools 但是我没有安装成功,安装完后不能使用(ubuntu 22.04系统)。 调用fastq-dump命令失败,根据系统提示,直接在系统环境安装成功: sudo apt install sra-toolkit 现在可以使用fastq-dump了 1.2...
$fasterq-dump SRR000001 -O /mnt/big_hddq If parts of the output-path do not exist, they will be created. If the output-files already exist, the tool will not overwrite them, but fail instead. If you want already existing output-files to be overwritten, use the force option-f. The l...
git clone https://github.com/glarue/biogl.git SRA-Tools Additionally, since fasterq_dump is just a wrapper script, you will also need to have installed NCBI's SRA-Tools Usage info usage: fasterq_dump [-h] [-f FILE] [-k] [-t] [-w] [-m] [-u {all,curl,wget,prefetch}] [--...
一、parallel-fastq-dump基本信息 parallel-fastq-dump的Github地址:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump* 注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install -c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: conda install -c bioconda parallel-fastq-dum...
https://github.com/wwood/kingfisher-download 下载方法选的是aws-http 默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra 想的是后续再单独转成fastq格式
github链接https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 parallel-fastq-dump--threads12--outdir./--split-files-sSRR5187763.sra-T tmp/ 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定SRR5187763不带后缀名sra ...
parallel-fastq-dump的Github地址:https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 注意,parallel-fastq-dump的使用依赖于fastq-dump,需要预先安装sra-tools: conda install-c bioconda sra-tools conda命令安装parallel-fastq-dump: conda install-c bioconda parallel-fastq-dump ...
github链接 https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 parallel-fastq-dump--threads12--outdir./--split-files-sSRR5187763.sra-Ttmp/ ...
References [1] SRA Toolkit Development Team https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit Version History Introduced in R2024a See Also SRAFasterqDumpOptions | srasamdump | SRASAMDumpOptions Topics Bioinformatics Toolbox Software Support PackagesWhy...
此外还有建立了GitHub Wiki提供使用教程,参见https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump。 重点参数是-e|threads, 用于选择使用多少线程进行运行,默认是6个线程。 同时考虑到有些人容易着急,还提供了-p选项用于显示当前进度。 我用一个9G大小的SRA文件,分别以fastq-dump和fasterq-dump进行了测试...