parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files --gzip --threads 4设置线程为4 实测parallel-fastq-dump是最快的。 4 10X测序使用的参数 fastq-dump --split-files fasterq-dump --split-files...
--option-file <file> Read more options and parameters from the file. #更多参数信息 最终使用的命令: fasterq-dump -3 SRR_ID
虽然fastq-dump参数很多,而且一直被吐槽参数说明写的太差,但是如果真的要用起来其实也就是一行代码fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@ac−si/$ri' SRRXXXXX| SRRXXXX.sra# 加上--gzip后需要时间进行文件压缩当然除了参数问题,还有一个让人诟病的地方就是他只能单个线程,...
time fastq-dump--split-files-O~/tmpSRR1039510.sra real 2m4.557s user 1m40.961s sys 0m9.731s 代码语言:javascript 复制 time fasterq-dump-e16--split-files-O~/SRR1039510.sra real 1m4.481s user 1m30.515s sys 0m18.706s 可以看到,fasterq实际运行时间是1m4s,fastq是2m4s,确实快了不少,不过好像...
fasterq-dump -e 16 --split-files -O ~/tmp SRR1039510.sra 运行结果: spots read : 22,852,619 reads read : 45,705,238 reads written : 45,705,238 下面看一下成成的文件:已经解压成_1.fastq和 _2.fastq两个文件,大小都是6.1G。