顾名思义,它运行得更快,更适合将SRA对象大规模转换为FASTQ文件,这些文件在拥有足够磁盘空间存放临时文件的站点上很常见。“fasterq-dump”是多线程的,它以一种比“fastq-dump”更好的方式执行批量连接,而“fastq-dump”是基于每条记录执行连接的(并且是单线程的)。 “fastq-dump”仍然受到支持,因为它处理的极端情...
之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件, 详细介绍了fastq-dump的用法。 虽然fastq-dump参数很多,而且一直被吐槽参数说明写的太差,但是如果真的要用起来其实也就是一行代码 fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@$ac-$si/$ri' SRRXXXXX| SRRXXXX.sra # 加上--gzip...