“fasterq-dump”是多线程的,它以一种比“fastq-dump”更好的方式执行批量连接,而“fastq-dump”是基于每条记录执行连接的(并且是单线程的)。 “fastq-dump”仍然受到支持,因为它处理的极端情况比“fasterq-dump”更多,但将来可能会被弃用。 关于fasterq-dump命令 用法: fasterq-dump <path> [options] 参数: -o...
我用一个9G大小的SRA文件,分别以fastq-dump和fasterq-dump进行了测试。 time fastq-dump --split-3 -O test SRR5318040.sra # 558.76s user 41.36s system 101% cpu 9:51.82 total time fasterq-dump --split-3 SRR5318040.sra -e 20 -o SRR5318040 # 582.70s user 121.06s system 1130% cpu 1:02.25...