time fasterq-dump --split-3 SRR5318040.sra -e 20 -o SRR5318040 # 582.70s user 121.06s system 1130% cpu 1:02.25 total 同样的如果上面的fastqer-dump运行报错,请把 SRR5318040.sra 改成 ./SRR5318040. 从用户模式(user mode)来看, 两者的总CPU使用时间都差不多是560秒,从内核模式来看(Kernel Mode...
“fasterq-dump”是多线程的,它以一种比“fastq-dump”更好的方式执行批量连接,而“fastq-dump”是基于每条记录执行连接的(并且是单线程的)。 “fastq-dump”仍然受到支持,因为它处理的极端情况比“fasterq-dump”更多,但将来可能会被弃用。 关于fasterq-dump命令 用法: fasterq-dump <path> [options] 参数: -o...
github链接 https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 代码语言:javascript 复制 parallel-fastq-dump--threads12--outdir./--split-files-sSRR5187763.sra-Ttmp/ 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定SRR518...
复制 time fastq-dump--split-files-O~/tmpSRR1039510.sra real 2m4.557s user 1m40.961s sys 0m9.731s 代码语言:javascript 复制 time fasterq-dump-e16--split-files-O~/SRR1039510.sra real 1m4.481s user 1m30.515s sys 0m18.706s 可以看到,fasterq实际运行时间是1m4s,fastq是2m4s,确实快了不少,不过...
简介:之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件, 详细介绍了fastq-dump的用法。虽然fastq-dump参数很多,而且一直被吐槽参数说明写的太差,但是如果真的要用起来其实也就是一行代码fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@ac−si/$ri' SRRXXXXX| SRRXXXX.sra# 加上--gzip...