parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files --gzip --threads 4设置线程为4 实测parallel-fastq-dump是最快的。 4 10X测序使用的参数 fastq-dump --split-files fasterq-dump --split-files...
time fastq-dump --split-3 -OtestSRR5318040.sra# 558.76s user 41.36s system 101% cpu 9:51.82 totaltime fasterq-dump --split-3 ./SRR5318040 -e 20 -o SRR5318040# 582.70s user 121.06s system 1130% cpu 1:02.25 total 从用户模式(user mode)来看, 两者的总CPU使用时间都差不多是560秒,从内...
time fastq-dump--split-files-O~/tmpSRR1039510.sra real 2m4.557s user 1m40.961s sys 0m9.731s 代码语言:javascript 复制 time fasterq-dump-e16--split-files-O~/SRR1039510.sra real 1m4.481s user 1m30.515s sys 0m18.706s 可以看到,fasterq实际运行时间是1m4s,fastq是2m4s,确实快了不少,不过好像...
这个软件用起来跟fastq区别不大,主要区别在于 -e 这个指令,可以指定线程数。 这里使用 -e 16指定16线程运行。 fasterq-dump -e 16 --split-files -O ~/tmp SRR1039510.sra 运行结果: spots read : 22,852,619 reads read : 45,705,238 reads written : 45,705,238 下面看一下成成的文件:已经解压成...