为了探究这个问题,我们对5例肿瘤标本和5例配对的非恶性肿瘤标本进行了scRNA-seq分析,构建了肿瘤细胞和免疫细胞的细胞间通讯图谱。我们的目标是揭示代谢相关通路在不同细胞群中的异质性,筛选出肿瘤特异性基因,并挖掘ESCC潜在的新标记物。最后,我们用公共数据库中的bulk RNA数据以及实验手段(如流式细胞术、qRT-PCR、免...
近年来,单细胞转录组测序(scRNA-seq)为研究细胞组成及肿瘤异质性提供了重要的武器,已经在很多癌种中受到广泛应用。尽管已经有一些关于ESCC的scRNA-seq工作研究异质性及肿瘤微环境的转录特征,但是一些特定的细胞类型复杂性及细胞间通讯信息需要进一步揭示。 为了进一步找到ESCC中一些细胞类型特异性的标记物,近日河南医学高等...
该研究所纳入的患者为经病理确诊的T2-4aN0-1M0的ESCC患者。患者在入组后,通过胃镜活检组织粒,进行基线scRNA-seq单细胞测序,同时接受2~4个周期的新辅助免疫+化疗(白蛋白紫杉醇+卡铂+替雷利珠单抗),在新辅助治疗结束的4~6周内手术。...
Our study aims to delve deeper into the heterogeneity of DCs in ESCC using single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and bulk RNA analysis. Methods: In the scRNA-seq analysis, we utilized the SCP package for result visualization and functional enrichment analysis of cell s...
单细胞RNA(scRNA)测序数据(GSE134355和PRJNA554845)是从GEO或Bioproject下载的。主要人类器官的细胞类型组成和人类细胞景观是根据scRNA数据构建的。Seurat R软件包用于执行聚类分析。使用UMAP算法可视化了单细胞的2D图。 8、免疫组织化学(IHC) ...
新辅助免疫治疗是治疗食管鳞状细胞癌(ESCC)的一种有前景的策略。然而,其影响治疗敏感性或耐药性的机制仍然存在争议。 研究解读 本研究对10例接受新辅助免疫治疗和化疗的患者样本进行scRNA-Seq、scTCR/scBCR测序、mIHC等。研究结果发现应答者中:GZMK+效应记忆T细胞(GZMK+ Tem)相对丰富,CXCL13+耗竭T细胞和Treg减少;FCR...
Tumor-infiltrating immune cells (TIIC) exert as major component of the tumor microenvironment (TME), showing possible prognostic value in ESCC.#Transcriptome data and scRNA-seq data of ESCC samples were extracted from the GEO and TCGA databases. Tissue Specific Index (TSI) was defined to ...