通过scRNA-seq数据,我们构建了一个单细胞转录组图谱,对正常食道组织和ESCC中的上皮细胞、基质细胞和免疫细胞进行了深入分析。这些数据揭开了肿瘤微环境中各种细胞类型的代谢重编程,有助于我们更好地理解ESCC患者的TME和细胞异质性,为未来探索ESCC的发病机制和确定潜在治疗目标提供了宝贵的资源。🔍 为什么选择scRNA-seq?
尽管已经有一些关于ESCC的scRNA-seq工作研究异质性及肿瘤微环境的转录特征,但是一些特定的细胞类型复杂性及细胞间通讯信息需要进一步揭示。 为了进一步找到ESCC中一些细胞类型特异性的标记物,近日河南医学高等专科学校石科副教授和郑州大学李悦淇副教授合作在FASEB Journal杂志(IF:5.834)发表新研究论文,利用单细胞RNA测序技术...
患者在入组后,通过胃镜活检组织粒,进行基线scRNA-seq单细胞测序,同时接受2~4个周期的新辅助免疫+化疗(白蛋白紫杉醇+卡铂+替雷利珠单抗),在新辅助治疗结束的4~6周内手术。同时,中心实验室评估手术病理情况,根据病理完全缓解(pCR)以及主...
Methods: In the scRNA-seq analysis, we utilized the SCP package for result visualization and functional enrichment analysis of cell subpopulations. CellChat was employed to identify potential oncogenic mechanisms in DCs, while Monocle 2 traced the evolutionary trajectory of the ...
新辅助免疫治疗是治疗食管鳞状细胞癌(ESCC)的一种有前景的策略。然而,其影响治疗敏感性或耐药性的机制仍然存在争议。 研究解读 本研究对10例接受新辅助免疫治疗和化疗的患者样本进行scRNA-Seq、scTCR/scBCR测序、mIHC等。研究结果发现应答者中:GZMK+效应记忆T细胞(GZMK+ Tem)相对丰富,CXCL13+耗竭T细胞和Treg减少;FCR...
Methods: Transcriptome data and scRNA-seq data of ESCC samples were extracted from the GEO and TCGA databases. Tissue Specific Index (TSI) was defined to identify potential TIIC-RNAs from the TME. Twenty machine learning algorithms were further applied to evaluate the prognostic efficacy of TIIC...