并且,有4个经典的RNA编辑位点在DSN-seq和Ribo-off-seq中均未检测到,随后Sanger测序表明这4个位点是由于基因组组装错误导致的假阳性位点,这进一步反映了DSN-seq和Ribo-off-seq在RNA编辑检测中的准确性。最后,作者对DSN-seq和Ribo-off-seq鉴定到的13个非经典的线粒体RNA编辑位点进行了Sanger测序验证,发现其中10个...
RNAseqDSNFSTAcute stressBrainstemTranscriptomeIn this work, we have analyzed the transcriptomic changes in the brainstem of male Wistar rats 2h after an acute stress exposure. We performed duplex-specific nuclease normalization of cDNA libraries and compared the results back-to-back for the first ...
获取临床属性病人多组学数据必须要有临床信息,才能活起来。...//accmae_sampleMap.csv" 实战比如提取TCGA数据库的BRCA数据集的TNBC亚型的表达量矩阵。前面我们提到过,如果是下载甲基化信号值矩阵或者表达量矩阵,会耗时很长。...curatedTCGAData("BRCA", c("RNASeq2GeneNorm"), FALSE)) head(getSubtypeMap(a)...
1)所述shRNA或双链RNA靶序列如SEQ ID NO:1所示;2)所述双链RNA为siRNA,所述siRNA的第一链的序列如SEQ ID NO:2所示;3)所述shRNA的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。7.一种DSN1基因干扰核酸构建体,含有编码权利要求5-6任一权利要求所述核酸分子中的shRNA的基因片段,能表达所述shRNA。8.一种DSN1基因干扰...
microRNA(miRNA)的异常表达总是发生在实体瘤中,对其进行检测和分析可为生物医学研究和临床诊断提供关键信息。因此,灵敏地和选择性地检测这些生物标志物以诊断和预测疾病是至关重要的。天津大学常津团队利用双链特异性核酸酶(DSN)辅助目标...
Plots depicting the effect of DSN treatment on RNA-Seq libraries of lettuce cultivar Valmaine.Matvienko, MartaKozik, AlexanderFroenicke, LutzLavelle, DeanMartineau, BelindaPerroud, BertrandMichelmore, Richard
获取临床属性病人多组学数据必须要有临床信息,才能活起来。...//accmae_sampleMap.csv" 实战比如提取TCGA数据库的BRCA数据集的TNBC亚型的表达量矩阵。前面我们提到过,如果是下载甲基化信号值矩阵或者表达量矩阵,会耗时很长。...curatedTCGAData("BRCA", c("RNASeq2GeneNorm"), FALSE)) head(getSubtypeMap(a)...