dotplot是一种常见的数据可视化手段,用于展示一个或多个变量在不同类别之间的关系。在单细胞RNA测序数据中,dotplot可以展示基因在不同细胞群体中的表达水平,帮助研究人员发现特定基因在不同群体中的差异性表达模式。 1.2 dotplot的绘制 在Seurat中,通过调用DotPlot函数可以绘制单细胞数据的dotplot图。用户可以选择感兴...
#install.packages("devtools")#or#devtools::install_github("Simon-Leonard/FlexDotPllibrary(FlexDotPlot) 加载数据 FlexDotPlot包采用数据框作为输入:前两列包含沿 x 和 y 轴分布的两个因子,后跟要显示的相应定量和/或定性数据: 用户可以指定在doplot上显示哪个因素以及每个因素应如何显示: 加载示例数据: data(...
单细胞常见的可视化方式有DimPlot,FeaturePlot ,DotPlot ,VlnPlot 和 DoHeatmap集中 ,在Seurat中均可以实现,但文献中的图大多会精美很多。之前scRNA复现|所见即所得,和Cell学umap,plot1cell完成惊艳的细胞注释umap图介绍了一种绘制惊艳umap图的方式;在跟SCI学umap图| ggplot2 绘制umap图,坐标位置 ,颜色 ,大小还不...
# 在绘图过程中我们也可能遇到几十个基因同时绘制的情况,这时候避免出现字符重叠的情况,我们可以利用Seurat自带修饰主题或者ggplot2这个好帮手 # (1)Seurat自带修饰主题,调整坐标轴字符倾斜角度 DotPlot(sce_final, features = marker) + RotatedAxis() # (2)ggplot2的theme函数,调整坐标轴字符倾斜角度 DotPlot(sc...
DotPlot( object,#Seurat对象 features,#需要展示的向量,例如基因名称组成的向量 assay = NULL,#assay名称, 默认是active assay cols = c("lightgrey", "blue"),#绘图颜色,可以是RColorBrewer包中的调色板名称,也可以是自定义的渐变,默认是lightgrey到blue渐变 ...
一、Dotplot功能 Function of Dotplot Dotplot函数主要是在单细胞分析之中可视化不同cluster的基因表达气泡图的。点的大小代表表达特定基因的比例(Percent Expressed),点的颜色变化代表基因的表达水平(Average Expresstion),如下图所示。 二、开发者信息 Developer informationDotplot函数隶属于Seurat包,是由Rahul Satija,...
本期内容中,我们将使用几种方法来绘制Dotplot图,以展示单细胞数据的丰富内容,并学会如何利用Dotplot图揭示细胞之间的差异和特征。让我们一起来学习吧,探索单细胞世界中隐藏的宝藏! 1 加载需要的包和数据: library(Seurat) library(clustree) library(cowplot) ...
R 绘图技巧 30| ComplexHeatmap 版本的复杂DotPlot(一) 今天的教程在此基础上进行了完善,感兴趣的可以试着运行一下。 加载R 包 library(Seurat) # DotPlot() library(tidyverse) # 数据整理 library(ComplexHeatmap) # 绘制气泡热图 library(circlize) # circlize::colorRamp2() ...
DotPlot中的Average expression图注竟然消失了 无意间发现seurat中的Dotplot画图时候,不管是在seurat的v4 还是v5版本。都存在这个“bug”:右边本该出现的Averageexpression图注消失了,如何把它恢复呢? 正常的样子,右边是有图注的 代码语言:javascript 代码运行次数:0...
第二个问题就是开头提到的那个分面图。一般正常使用DotPlot的时候,feature是向量,是不会有分面效果的。当把feature(每个分组type的基因)传入为list的时候,seurat的DotPlot就可以有分面效果了。 DefaultAssay(uterus) <- "RNA"SMC_genes <- c("ACTA2", "RGS5")MAC_genes <- c("MS4A6A", "CD68","LYZ"...