还提供交互式 R Shiny 应用程序,允许非 R 用户轻松生成具有多个可调参数的点图。 安装R 包 # install.packages("devtools") # or # devtools::install_github("Simon-Leonard/FlexDotPl library(FlexDotPlot) 加载数据 FlexDotPlot 包采用数据框作为输入:前两列包含沿 x 和 y 轴分布的两个因子,后跟要显示...
DotPlot(sce_final, features = marker) # 修改参数展示 # 一般比较常用的调整参数包括以下:idents / group.by / cols / features # (1) 挑选部分细胞类型展示 DotPlot(sce_final, features = marker, idents = c("0", "2","4","6")) # (2) 按照指定列作为分组信息展示,例如使用seurat_clusters分...
1,计算marker 基因 首先计算marker基因,然后使用seurat的DotPlot函数绘制初始的点图 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 all_markers<-FindAllMarkers(object=sce2)save(all_markers,file="all_markers.RData")top5<-all_markers%>%group_by(cluster)%>%top_n(5,avg_log2FC)##Seurat 初始点...
DotPlot函数是Seurat包中用于绘制dotplot图的主要函数,通过传入不同参数可以实现绘图的个性化定制。用户可以选择要展示的基因、细胞群体、图形参数等,从而生成符合自己需求的dotplot图。 2.3 参数设置 在调用DotPlot函数时,用户可以设置一系列参数来定制图形的外观和展示效果。可以通过调整颜色映射、点的大小和形状来突出不...
如果你还想让Dotplot图变得更好看,可以参考我的参数。 或者看我之前如何调整Dotplot细节的推文:单细胞seurat对象-气泡图dotplot美化-颜色配色-自定义修改 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 library(ggplot2)p=DotPlot(pbmc,features=c("CD3E",'C1QA','GZMK'),group.by="cell.type_split...
使用Seurat包的基本DotPlot函数：代码示例：RDotPlot) + theme)这行代码利用Seurat包的DotPlot函数快速生成包含指定基因的点图，并通过theme函数调整x轴文本的角度，使其更易读。2. 使用scCustomize包的一键式生成功能： 代码示例：RscCustomize::create_dotplot, custom_settings = list)这行代码使用sc...
首先，读者可以利用Seurat包的DotPlot函数绘制基本点图，随后，通过调整颜色、大小、方向等参数，进一步美化点图。在Seurat中，可以利用ggplot2的特性，如`coord_flip`实现坐标翻转，通过`theme`调整坐标轴字体和角度，通过`guide`和`scale`调整图例和颜色等。这种调整使得点图更加符合科学文献中的风格，增加...
library(Seurat) #相关可调整参数展示 DotPlot( object,# Seurat 对象 features,#可以是向量或者成组的基因list assay = NULL,#默认是active assay,一般不用管 cols = c("lightgrey","blue"),#颜色范围默认是灰色和蓝色 col.min = -2.5,#颜色比例相关设置,默认为-2.5 ...
最近在研究seurat v5的数据处理。测试的时候发现使用seurat v5包对大数据进行sketch-based抽样分析之后,后续使用DotPLit进行绘图的时候会报错: DotPlot(object=obj,features="Cd79a")dev.off() 报错信息 通过查看源码发现是在这一步出现了问题: DotPlot函数源码部分截图 ...