尽管这种可视化方法很受欢迎,特别是在单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 研究中,但用于制作点图的现有工具在功能和可用性方面受到限制。 今天介绍一个绘图工具——FlexDotPlot,这是一个 R 包,用于从多元数据(包括 scRNA-seq 数据)生成点图。它提供了通用且易于使用的解决方案,具有高度的多功能性。还提供交互式 R ...
以前老赵分享过Dotplot的美化代码, 今天偶然间在github检索到某文章作者分享的一个R代码, 里头的Dotplot感觉还不错, 果断保存来复现。 library(ggpubr) library(ggimage) library(ggplot2) library(Seurat) lib…
DotPlot(sce_final, features = marker_split ) 四、DotPlot联合ggplot2美化 # 在绘图过程中我们也可能遇到几十个基因同时绘制的情况,这时候避免出现字符重叠的情况,我们可以利用Seurat自带修饰主题或者ggplot2这个好帮手 # (1)Seurat自带修饰主题,调整坐标轴字符倾斜角度 DotPlot(sce_final, features = marker) + ...
二Seurat 调整,美化 1,计算marker 基因 首先计算marker基因,然后使用seurat的DotPlot函数绘制初始的点图 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 all_markers<-FindAllMarkers(object=sce2)save(all_markers,file="all_markers.RData")top5<-all_markers%>%group_by(cluster)%>%top_n(5,avg_log2...
首先，读者可以利用Seurat包的DotPlot函数绘制基本点图，随后，通过调整颜色、大小、方向等参数，进一步美化点图。在Seurat中，可以利用ggplot2的特性，如`coord_flip`实现坐标翻转，通过`theme`调整坐标轴字体和角度，通过`guide`和`scale`调整图例和颜色等。这种调整使得点图更加符合科学文献中的风格，增加...
scRNA分析中的定制化聚类点图的二行代码出图方式如下：使用Seurat包的基本DotPlot函数：代码示例：RDotPlot) + theme)这行代码利用Seurat包的DotPlot函数快速生成包含指定基因的点图，并通过theme函数调整x轴文本的角度，使其更易读。2. 使用scCustomize包的一键式生成功能： 代码示例：RscCustomize::create...
或者看我之前如何调整Dotplot细节的推文:单细胞seurat对象-气泡图dotplot美化-颜色配色-自定义修改 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 library(ggplot2)p=DotPlot(pbmc,features=c("CD3E",'C1QA','GZMK'),group.by="cell.type_splitby_group")+RotatedAxis()p2=p+ggplot2::coord_flip...
获取Seurat气泡图的绘图数据 创建x轴分类标签注释 将注释添加到data.usage方便绘图调用 根据需求重排y轴绘图标签顺序 重绘气泡图并基于facet分面方法为x轴添...
生信益站的Seurat::DotPlot美化 (二) ——细胞亚群坐标轴Color Bar注释 那这边小谢就偷个懒,基于前辈们整理好的代码来使用ggplot2绘制marker基因的点图。 1. 提取数据并整理细胞亚群排序 #获取需要的数据 p <- DotPlot(pbmc, features = split(top5$gene, top5$cluster), ...
前面在scRNA分析 | 定制 美化FeaturePlot 图,你需要的都在这也提到了scCustomize包优化的方便,这里也可以很快得到聚类点图。上面https:///post/clustered-dotplot-for-single-cell-rnaseq/的博客作者就是scCustomize包的Contributor 。 Clustered_DotPlot(seurat_object = sce2, features = unique(top5$gene)) ...