1.computeMatrix scale-regions -p 10 \ 2.-R gene19.bed geneX.bed \ 3.-S test1.bw test2.bw \ 4.-b 3000 -a 3000 \ 5.--regionBodyLength 5000 \ 6.--skipZeros \ 7.-o heatmap.gz reference-point mode则是给定一个bed file,以某个点为中心开始统计信号(TSS/TES/center)。但实际上我...
一、基本概念 1.1 Deeptools 的用途 1.2 TSS 1.3 BED 格式 二、画图 2.1 ComputeMatrix 2.2 plotHeatmap 绘制热图 2.3 plotProfile 绘制折线图 一、基本概念 1.1 Deeptools 的用途 处理bam 文件 或者 bam 转化的 bigwig 文件; 数据质量控制; 作图,比如热图、折线图; 其他。 1.2 TSS 转录起始位点(Transcription St...
在chip_seq数据分析中,通常会对peak区域在基因组上的分布进行探究,查看其分布是否存在规律,比如是否在转录起始位点,或者转录终止位点附近存在富集,此时我们可以通过deeptools这个工具来实现。 首先通过computeMatrix这个命令,可以计算基因组区域上的分布,分成以下两种模式 scale-regions reference-point 第一种模式代表一个区间...
deeptools是基于Python开发的⼀套⼯具，⽤于处理诸如RNA-seq, ChIP-seq, MNase-seq, ATAC-seq等⾼通量数据。⼯具分为四个模块 BAM和bigWig⽂件处理 质量控制 热图和其他描述性作图 其他 当然也可以简单分为两个部分：数据处理和可视化。对于deeptools⾥的任意⼦命令，都⽀持--help看帮助⽂档，--...
在chip_seq数据分析中,通常会对peak区域在基因组上的分布进行探究,查看其分布是否存在规律,比如是否在转录起始位点,或者转录终止位点附近存在富集,此时我们可以通过deeptools这个工具来实现。 首先通过computeMatrix这个命令,可以计算基因组区域上的分布,分成以下两种模式 ...
deeptools 提供了 computeMatrix 命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号，并通过 plotHeatmap 和 plotProfile 函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。computeMatrix 提供以下两种用法以不同的参考系计算ChIP-seq的信号 --scoreFileName, -S ：输入的bw文件，可以是校正后的bw文件 --regionsFileName, -R ...
DeepTools可以通过pip安装，命令为：pip install deepTools 使用BamCompare进行比较：bamCompare用于比较两个或多个BAM文件，生成差异图。bamCompare -b1 sample1.bam -b2 sample2.bam -o outputfile.bw 使用computeMatrix进行矩阵计算：computeMatrix用于计算基因组上一组位置的信号值，并生成可用于绘制热图的矩阵文件。com...
在chip_seq数据分析中,通常会对peak区域在基因组上的分布进行探究,查看其分布是否存在规律,比如是否在转录起始位点,或者转录终止位点附近存在富集,此时我们可以通过deeptools这个工具来实现。 首先通过computeMatrix这个命令,可以计算基因组区域上的分布,分成以下两种模式 ...
**基本用法**: ```bash computeMatrix reference-point --referencePoint center -S file1.bw file2.bw -R regions.bed -o matrix.tab ``` **主要参数**: - `--referencePoint`: 参考点类型,如 `TSS`, `center`, `start`, `end` 等。 - `-S`, `--scoresFile`: 输入的信号文件列表(bigWig ...
computeMatrix是deeptools中用于计算基因组上多个位点或区域的数值矩阵的工具。以下是使用computeMatrix的一些常见步骤: 7.准备输入文件:使用输入文件来指定位点或区域的位置信息。可以使用BED或GTF文件作为输入。 8.运行computeMatrix:使用以下命令来运行computeMatrix: computeMatrix reference-point --referencePoint TSS -b 100...