bamCompare与bamCoverage 功能相似,只是bamCompare是基于两个bam文件的比较bigwigComparebigwigCompare也是针对于两个bigwig文件,将基因组以划bin的形式,计算这两个bigwig文件在每个bin覆盖深度的比值computeMatrix此模块主要为后期的数据可视化模块plotHeatmap and plotProfiles.
当然了,我们也同样画出A和B样本的信号分布图,用来验证: # get bw fileforidinA BdobamCoverage--bam ${id}.bam--outFileName ${id}.bw \--outFileFormat bigwig--binSize50\--normalizeUsing CPM \--region chr10 \--numberOfProcessors20done# get plotforidinA BdocomputeMatrix reference-point \--ref...
·computeMatrix ·对基因区域以及上下游划bin,计算每个bin内Chip的信号强度 ·用法: ·computeMatrixscale-regions-SG_K4me3_1.bw G_K27ac_1.bw G_K4ME1_1.bw G_K27me3 D_K4me3_1.bw D_K27ac_1.bw D_K4ME1_1.bw D_K27me3-Rup.Gene.bed down.Gene.bed–beforeRegionStartLength5000--regionBo...
或者直接在节点上直接输:deeptools bamCoverage --help 查看参数和用法,但是官网说明书还有原理更方便理解。 computeMatrix官网说明书:computeMatrix官网说明书 或者直接在节点上直接输:deeptools computeMatrix --help 查看参数和用法,但是官网说明书还有原理更方便理解。 plotProfile 官网说明书:plotProfile官网说明书 或者直接...
computeMatrix 此模块主要为后期的数据可视化模块plotHeatmapandplotProfiles.服务,针对bigWig文件,它用来计算对基因区域以及上下游划bin,计算每个bin内ChIP的信号强度 其次Deeptools可以对数据进行质控 plotCorrelation 主要是针对multiBamSummary 产生的矩阵,利用pearson 或者spearman 计算样本间的相关性 ...