在chip_seq数据分析中,通常会对peak区域在基因组上的分布进行探究,查看其分布是否存在规律,比如是否在转录起始位点,或者转录终止位点附近存在富集,此时我们可以通过deeptools这个工具来实现。 首先通过computeMatrix这个命令,可以计算基因组区域上的分布,分成以下两种模式 scale-regions reference-point 第一种模式代表一个区间...
1. ChIP-seq信号分析 computeMatrix scale-regions \ -R enhancers.bed\ -S H3K27ac.bam\--regionBodyLength5000\--beforeRegionStartLength2000 AI代码助手复制代码 2. ATAC-seq开放区域检测 plotFingerprint \ -bATAC_*.bam\--plotFilefingerprints.pdf\--outRawCountsraw_counts.tab AI代码助手复制代码 3. ...
computeMatrix 该功能可以计算每个基因区域的结合得分,生成中间文件用以给plotHeatmap和plotProfiles作图。 数据传递链 computeMatrix有两种模式,scale-regions mode和reference-point mode 区别展示图 scale-regiuons mode简单来说会将给定bed file范围内的结合信号做一个统计(指的是一段长度),并将基因长度统一scale到设定...
一、基本概念 1.1 Deeptools 的用途 1.2 TSS 1.3 BED 格式 二、画图 2.1 ComputeMatrix 2.2 plotHeatmap 绘制热图 2.3 plotProfile 绘制折线图 一、基本概念 1.1 Deeptools 的用途 处理bam 文件 或者 bam 转化的 bigwig 文件; 数据质量控制; 作图,比如热图、折线图; 其他。 1.2 TSS 转录起始位点(Transcription St...
为了统计全基因组范围的peak在基因特征的分布情况,需要用到computeMatrix计算, 用plotHeatmap以热图的方式对覆盖进行可视化,用plotProfile以折线图的方式展示覆盖情况。 computeMatrix具有两个模式:scale-region和reference-point。前者用来信号在一个区域内分布,后者查 看信号相对于某一个点的分布情况。 无论是那个模式,都...
deeptools 提供了 computeMatrix 命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号，并通过 plotHeatmap 和 plotProfile 函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。computeMatrix 提供以下两种用法以不同的参考系计算ChIP-seq的信号 --scoreFileName, -S ：输入的bw文件，可以是校正后的bw文件 --regionsFileName, -R ...
这就涉及deeptools的computeMatrix两种模式（如下图）：deeptools computeMatrix模块可以计算每个基因区域的结合得分，生成中间文件用以给plotHeatmap和plotProfiles作图。reference-point mode则是给定一个bed file，以某个点为中心开始统计信号（如TSS/TES/center）。来举个'🌰'：首先，整理一下...
plotHeatmap 下面展示一个实际的例子,从bam文件开始,得到最终的可视化结果 1. 将bam文件转换为bigwig文件 通过bamCoverage命令,可以将bam文件转换为bigwig文件,用法如下 bamCoverage -b input.bam -o 1. 2. 运行computeMatrix 这个命令有scale-regions和reference-points两种模式,这里以第二种为例进行...
plotHeatmap 是deeptools 中的一个工具,用于生成基于基因组区域的信号强度的热图。以下是 plotHeatmap 的所有参数及其详细解释: 必需参数 --matrixFile, -m:由 computeMatrix 工具生成的矩阵文件。 --outFileName, -out, -o:输出图像的文件名。文件扩展名将用于确定图像格式(如 "png", "eps", "pdf", "svg"...
为了统计全基因组范围的peak在基因特征的分布情况,需要用到computeMatrix计算,用plotHeatmap以热图的方式对覆盖进行可视化,用plotProfile以折线图的方式展示覆盖情况。 computeMatrix具有两个模式:scale-region和reference-point。前者用来信号在一个区域内分布,后者查看信号相对于某一个点的分布情况。