plotProfile plotHeatmap 下面展示一个实际的例子,从bam文件开始,得到最终的可视化结果 1. 将bam文件转换为bigwig文件 通过bamCoverage命令,可以将bam文件转换为bigwig文件,用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 bamCoverage-b input.bam-o input.bw 2. 运行computeMatrix 这个命令有scale-regi...
2. 依赖检查 computeMatrix --version# 应返回3.5.1或更高版本plotProfile --help# 确认绘图工具可用 AI代码助手复制代码 三、输入文件准备 1. 必需文件类型 BAM文件:比对后的测序数据(需排序并建立索引) samtools sortinput.bam -osorted.bam samtools indexsorted.bam AI代码助手复制代码 BED文件:定义感兴趣基因...
一、基本概念 1.1 Deeptools 的用途 1.2 TSS 1.3 BED 格式 二、画图 2.1 ComputeMatrix 2.2 plotHeatmap 绘制热图 2.3 plotProfile 绘制折线图 一、基本概念 1.1 Deeptools 的用途 处理bam 文件 或者 bam 转化的 bigwig 文件; 数据质量控制; 作图,比如热图、折线图; 其他。 1.2 TSS 转录起始位点(Transcription St...
deeptools 提供了 computeMatrix 命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号，并通过 plotHeatmap 和 plotProfile 函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。computeMatrix 提供以下两种用法以不同的参考系计算ChIP-seq的信号 --scoreFileName, -S ：输入的bw文件，可以是校正后的bw文件 --regionsFileName, -R ...
为了统计全基因组范围的peak在基因特征的分布情况,需要用到computeMatrix计算, 用plotHeatmap以热图的方式对覆盖进行可视化,用plotProfile以折线图的方式展示覆盖情况。 computeMatrix具有两个模式:scale-region和reference-point。前者用来信号在一个区域内分布,后者查 看信号相对于某一个点的分布情况。 无论是那个模式,都...
plotProfile 主要用来画密度图 上游数据是computeMatrix得到的gz file 注意:默认针对单个bw文件作图或者把多个bw文件画在一个图里面(perGroup参数),同样也可以使用kmean或hclust聚类 EXAMPLE 1.plotProfile -m matrix.mat.gz \ 2.--perGroup \ 3.--kmeans 2 \ 4.-out ExampleProfile3.png EXAMPLE FIGURE 填充方...
plotProfile plotHeatmap 下面展示一个实际的例子,从bam文件开始,得到最终的可视化结果 1. 将bam文件转换为bigwig文件 通过bamCoverage命令,可以将bam文件转换为bigwig文件,用法如下 bamCoverage -b input.bam -o 1. 2. 运行computeMatrix
deeptools computeMatrix模块可以计算每个基因区域的结合得分，生成中间文件用以给plotHeatmap和plotProfiles作图。reference-point mode则是给定一个bed file，以某个点为中心开始统计信号（如TSS/TES/center）。来举个'🌰'：首先，整理一下TAD边界的bed文件boundaries.bed 其次，...
bamCompare -b1 sample1.bam -b2 sample2.bam -o outputfile.bw 使用computeMatrix进行矩阵计算：computeMatrix用于计算基因组上一组位置的信号值，并生成可用于绘制热图的矩阵文件。computeMatrix reference-point -S signal.bw -R regions.bed -o matrix.mat.gz 使用plotProfile绘制基因组浏览图：1/ 2 ...
ATAC后续可视化生成的热图和平均图可以用R包进行绘制，我这里选的是deeptools里的bamCoverage和computeMatrix功能 deeptools安装是用conda一键式安装，我直接安在base环境下，不需要再另外配置环境 看一下deeptools的手册，可以更快帮助自己了解deeptools的参数 先将之前bowtie比对的bam文件进行归一化，转为bigwig...