**基本用法**: ```bash bamCoverage -b input.bam -o output.bw --binSize 10 --normalizeUsing RPKM ``` **主要参数**: - `-b`, `--bamFile`: 输入的 BAM 文件。 - `-o`, `--outFileName`: 输出文件名。 - `--binSize`: 每个 bin 的大小(以 bp 为单位)。 - `--normalizeUsing`:...
deeptools提供bamCoverage和bamCompare进⾏格式转换，为了能够⽐较不同的样本，需要对先将基因组分成等宽分箱(bin)，统计每个分箱的read数，最后得到描述性统计值。对于两个样本，描述性统计值可以是两个样本的⽐率，或是⽐率的log2值，或者是差值。如果是单个样本，可以⽤SES⽅法进⾏标准化。
deeptools 提供两个bam转换为bw的命令，分别是 bamCoverage 和 bamCompare 。两者的区别在于 bamCoverage 是对单个bam文件进行转换，而 bamCompare 接受两个bam文件，生成两者信号比值的bw文件。以下是ChIP-seq 数据转换的一个示例用法 -b, --bam ： 输入的bam文件 -o ：输出的bw文件 -bs, --binSi...
bamCoverage -e 170 -bs 100 -of bedgraph -r Chr4:12985884:12997458 --normalizeTo1x 100000000 -b 02-read-alignment/ap2_chip_rep1_1_sorted.bam -o chip.bedgraph bamCompare和bamCoverage类似,只不过需要提供两个样本,并且采用SES方法进行标准化,于是多了--ratio参数。 多样本分析 这部分内容主要分析处...
1. 将bam文件转换为bigwig文件 通过bamCoverage命令,可以将bam文件转换为bigwig文件,用法如下 bamCoverage -b input.bam -o input.bw 1. 2. 运行computeMatrix 这个命令有scale-regions和reference-points两种模式,这里以第二种为例进行展示,用法如下 ...
If you are not familiar with BAM, bedGraph and bigWig formats, you can read up on that in our :doc:`../help_glossary` .. argparse:: :ref: deeptools.bamCoverage.parseArguments :prog: bamCoverage Usage hints A smaller bin size value will result in a higher resolution of the coverage ...
1. 将bam文件转换为bigwig文件 通过bamCoverage命令,可以将bam文件转换为bigwig文件,用法如下 bamCoverage -binput.bam-oinput.bw AI代码助手复制代码 2. 运行computeMatrix 这个命令有scale-regions和reference-points两种模式,这里以第二种为例进行展示,用法如下 ...
cat bam.clean | while read id do echo $id arr=($id) Name=${arr[0]} bsub -J norm -n 1 -R span[hosts=1] -o normrpkm.out -e normrpkm2.err -q normal \ "bamCoverage -p 1 --normalizeUsingRPKM -b ${Name}.bam -o ${Name}_RPKM.bw" done #在工作目录中将代码写入一个脚本,命...
1. bamCoverage bamCoverage是deeptools中一个常用的工具,用于计算和可视化测序reads在基因组上的分布。以下是使用bamCoverage的一些常见步骤: 4.准备输入文件:使用samtools或其他工具将测序数据(BAM格式)转换为deeptools可识别的格式。可以使用以下命令来生成一个BigWig格式的文件: bamCoverage -b input.bam -o output....
1. 将bam文件转换为bigwig文件 通过bamCoverage命令,可以将bam文件转换为bigwig文件,用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 bamCoverage-b input.bam-o input.bw 2. 运行computeMatrix 这个命令有scale-regions和reference-points两种模式,这里以第二种为例进行展示,用法如下 ...