以下是一些常用 Deeptools 命令及其参数的简要介绍。 ### 1. `bamCoverage` 将 BAM 文件转换为 bigWig 或 bedGraph 格式的文件,以便进行可视化和进一步分析。 **基本用法**: ```bash bamCoverage -b input.bam -o output.bw --binSize 10 --normalizeUsing RPKM
plotHeatmap 下面展示一个实际的例子,从bam文件开始,得到最终的可视化结果 1. 将bam文件转换为bigwig文件 通过bamCoverage命令,可以将bam文件转换为bigwig文件,用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 bamCoverage-b input.bam-o input.bw 2. 运行computeMatrix 这个命令有scale-regions和referen...
bamCoverage -e 170 -bs 10 -b ap2_chip_rep1_2_sorted.bam -o ap2_chip_rep1_2.bw# ap2_chip_rep1_2_sorted.bam 是前期比对得到的BAM文件 得到的bw文件就可以送去IGV/Jbrowse进行可视化。 这里的参数仅使用了-e/--extendReads和-bs/-binSize即拓展了原来的read长度,且设置分箱的大小。其他参数还...
bamCompare与bamCoverage 功能相似,只是bamCompare是基于两个bam文件的比较bigwigComparebigwigCompare也是针对于两个bigwig文件,将基因组以划bin的形式,计算这两个bigwig文件在每个bin覆盖深度的比值computeMatrix此模块主要为后期的数据可视化模块plotHeatmap and plotProfiles.服务,针对bigWig文件,它用来计算对基因区域以及...
first, second.--pseudocount ： 添加一个较小的数值避免分母为0，默认是 1 另外， bamCoverage 中使用的多数参数在 bamCompare 中都能使用。本文只是简单总结了 bamCoverge , bamCompare 两个命令中的部分参数，关于其详细的参数列表可以到其官方文档，或者在linux下加上 --help 参数查看。完。
看一下deeptools的手册，可以更快帮助自己了解deeptools的参数 先将之前bowtie比对的bam文件进行归一化，转为bigwig文件 需要用samtools先建索引:ls *.rmdum.bam |xargs -i samtools index {} bamCoverage命令转bw文件，-b是输入文件，-o是是输出文件 bamCoverage -b /home/huilin_hu/Arabidopsis/...
可以用来将bam file转换成bigwig file,同时可以设定binSize参数从而的获取不同的分辨率,在比较非一批数据的时候,还可以设定数据normalizeTo1X到某个值(一般是该物种基因长度)从而方便进行比较。 单纯的可以当作bigwig转换工具。 EXAMPLE bamCoverage --bam a.bam -o a.SeqDepthNorm.bw \ ...
可以用来将bam file转换成bigwig file,同时可以设定binSize参数从而的获取不同的分辨率,在比较非一批数据的时候,还可以设定数据normalizeTo1X到某个值(一般是该物种基因长度)从而方便进行比较。 单纯的可以当作bigwig转换工具。 EXAMPLE 1.bamCoverage --bam a.bam -o a.SeqDepthNorm.bw \ 2.--binSize 10 3...
Tools to process and analyze deep sequencing data. - deepTools/docs/content/tools/bamCoverage.rst at 2.4.1 · deeptools/deepTools