#--normalizeUsingRPKM 表示用RPKM进行均一化,如果bam文件已经用其它方法均一化过了可以不设,但要比较样本间差异一定要进行均一化 #-b 数据的bam文件 #-o 输出的bw文件名 #3.分析数据间相关性 #根据bw实际情况修改BWfiles的输入bw文件名,和NPZ输入名 BWfiles="A1.bw A2.bw A3.bw B1.bw B2.bw B3.bw...
deeptools 提供两个bam转换为bw的命令，分别是 bamCoverage 和 bamCompare 。两者的区别在于 bamCoverage 是对单个bam文件进行转换，而 bamCompare 接受两个bam文件，生成两者信号比值的bw文件。以下是ChIP-seq 数据转换的一个示例用法 -b, --bam ： 输入的bam文件 -o ：输出的bw文件 -bs, --binSi...
为什么要⽤bigWig? 主要是因为BAM⽂件⽐较⼤，直接⽤于展⽰时对服务器要求较⼤。因此在GEO上仅会提供bw,即bigWig下载，便于下载和查看。如果真的感兴趣，则可以下载原始数据进⾏后续分析。deeptools提供bamCoverage和bamCompare进⾏格式转换，为了能够⽐较不同的样本，需要对先将基因组分成等宽分箱(...
如果上一步把BAM转换成BW, 那么multiBamSummary可以用multiBigWigSummary替代 # 统计reads在全基因组范围的情况multiBamSummary bins -bs 1000 --bamfiles 02-read-alignment/ap2_chip_rep1_1_sorted.bam 02-read-alignment/ap2_chip_rep1_2_sorted.bam 02-read-alignment/ap2_chip_rep1_3_sorted.bam 02-...
bamCoverage的基本用法 bamCoverage -e 170 -bs 10 -b ap2_chip_rep1_2_sorted.bam -o ap2_chip_rep1_2.bw # ap2_chip_rep1_2_sorted.bam是前期比对得到的BAM文件 得到的bw文件就可以送去IGV/Jbrowse进行可视化。 这里的参数仅使用了-e/--extendReads和-bs/--binSize即拓展了原来的read长度,且设置...
bamCoverage-e170-bs10-b ap2_chip_rep1_2_sorted.bam -o ap2_chip_rep1_2.bw# ap2_chip_rep1_2_sorted.bam是前期比对得到的BAM文件 得到的bw文件就可以送去IGV/Jbrowse进行可视化。 这里的参数仅使用了-e/--extendReads和-bs/--binSize即拓展了原来的read长度,且设置分箱的大小。其他参数还有 ...
首先Deeptools 能够处理BAM 和bigWig 文件,而它其中有以下这些模块,让我来简述一下这些模块的基本功能~~multiBamSummary针对bam文件,用来计算两个或者多个bam文件在特定基因区域的覆盖的reads数multiBigwigSummary针对BigWig文件,可计算多个bigWig文件特定基因区域的信号值correctGCBias主要针对GC偏好性对数据进行矫正。bam...
可以用来将bam file转换成bigwig file,同时可以设定binSize参数从而的获取不同的分辨率,在比较非一批数据的时候,还可以设定数据normalizeTo1X到某个值(一般是该物种基因长度)从而方便进行比较。 单纯的可以当作bigwig转换工具。 EXAMPLE 1.bamCoverage --bam a.bam -o a.SeqDepthNorm.bw \ 2.--binSize 10 3...
处理bam 文件 或者 bam 转化的 bigwig 文件; 数据质量控制; 作图,比如热图、折线图; 其他。 1.2 TSS 转录起始位点(Transcription Start Site, TSS):是指一个基因的5'端转录的第一个碱基,它是与新生RNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基,通常为一个嘌呤(A或G)。 通常把转录起始位点前即5’末端的序列称为...
bamCoverage -b /home/huilin_hu/Arabidopsis/output/5.clean/57.bowtie.clean.sort.exc.sort.reheader.rmdup.bam -o 57.bw computeMatrix 有两种不同的模式 reference-point ( relative to a point ): 计算某个点的信号丰度 scale-regions(over a set of regions ): 把所有基因组区段缩放至...