deeptools 提供两个bam转换为bw的命令，分别是 bamCoverage 和 bamCompare 。两者的区别在于 bamCoverage 是对单个bam文件进行转换，而 bamCompare 接受两个bam文件，生成两者信号比值的bw文件。以下是ChIP-seq 数据转换的一个示例用法 -b, --bam ： 输入的bam文件 -o ：输出的bw文件 -bs, --binSi...
第一个功能,把bam文件转换为bw格式文件: bamCoverage -b tmp.sorted.bam -o tmp.bw 里面有一个参数非常重要,就是--extendReads 在 macs软件里面也有,macs2 pileup --extsize 200 ,就算是你的reads长度可能不一致,是否需要把它们补齐成一个统一的长度,因为我们只要是测到了reads,就代表那里是有signal的,只是...
主要是因为BAM文件比较大,直接用于展示时对服务器要求较大。因此在 GEO上仅会提供bw,即bigWig下载,便于下载和查看。如果真的感兴趣,则可以下载原始数据进 行后续分析。 deeptools提供bamCoverage和bamCompare进行格式转换,为了能够比较不同的样本,需要对先将 基因组分成等宽分箱(bin),统计每个分箱的read数,最后得到...
1. 将bam文件转换为bigwig文件 通过bamCoverage命令,可以将bam文件转换为bigwig文件,用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 bamCoverage-b input.bam-o input.bw 2. 运行computeMatrix 这个命令有scale-regions和reference-points两种模式,这里以第二种为例进行展示,用法如下 代码语言:javascript...
2.这里仅针对一个bam做的TSS,如果你想将自己数据一起出图,提前准备好bw文件即可 #准备bw文件,先建索引,然后转bw samtools index 1.bam bamCoverage -b 1.bam -o 1.bw #获取注释bed文件 awk '$3 == "gene"' your.gff3|awk 'BEGIN{FS="\t|=|;";OFS="\t"}{print $1,$4-1,$4}'>gene.bed...
**基本用法**: ```bash bamCoverage -b input.bam -o output.bw --binSize 10 --normalizeUsing RPKM ``` **主要参数**: - `-b`, `--bamFile`: 输入的 BAM 文件。 - `-o`, `--outFileName`: 输出文件名。 - `--binSize`: 每个 bin 的大小(以 bp 为单位)。 - `--normalizeUsing`:...
如果上一步把BAM转换成BW, 那么multiBamSummary可以用multiBigWigSummary替代 # 统计reads在全基因组范围的情况multiBamSummary bins -bs 1000 --bamfiles 02-read-alignment/ap2_chip_rep1_1_sorted.bam 02-read-alignment/ap2_chip_rep1_2_sorted.bam 02-read-alignment/ap2_chip_rep1_3_sorted.bam 02-...
#-bS是指输出文件为bam文件 #-q 是指MAPQ的阈值,比对得分,低于此得分的去掉,一般设为10或30 #-@ 为使用的核数,多个核可以提高运算速度,默认为1 #2.文件准备:将过滤后的bam文件转换为bw文件 ls *_mapq30_sort.bam | cut -d"." -f 1 > bam.clean cat bam.clean | while read id do echo $id...
-S是bamCoverage转的bw文件 会输出两个文件：matrix1_test_TSS.gz regions1_test_genes.bed 自己命名就好，这两个文件用于后期画热图和平均图 computeMatrix reference-point --referencePoint TSS -p 15 \ -b 10000 -a 10000 \ -R /home/huilin_hu/Arabidopsis/...
bamCoverage-e170-bs10-b ap2_chip_rep1_2_sorted.bam -o ap2_chip_rep1_2.bw# ap2_chip_rep1_2_sorted.bam是前期比对得到的BAM文件 得到的bw文件就可以送去IGV/Jbrowse进行可视化。 这里的参数仅使用了-e/--extendReads和-bs/--binSize即拓展了原来的read长度,且设置分箱的大小。其他参数还有 ...