BedGraph Track Format :http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/bedgraph.html 这3种文件格式都是UCSC规定的,所以它提供了系列工具进行互相转换, 我这里用deeptools这个软件的bamCoverage工具来完成这个任务,命令如下: bamCoverage -b P_jmzeng.final.bam -o P_jmzeng.final.bw bamCoverage -b P_jmzeng.filter....
将bam文件转为bw文件，有很多工具可以实现这个目标，但是我们这里只记录deeptools：4.2 wig/bw/bedgraph相互转换工具 bedGraphToBigWig ：Convert a bedGraph file to bigWig format. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bedGraphToBigWig bigWigToBedGraph ：Convert from bigWig...
-ignore chrX 为了对结果有更好的理解,我们把 bw 文件转为可以查看的 bedgraph 文件: $ bigWigToBedGraph log2ratio.bw log2ratio.bedgraph $ head log2ratio.bedgraph chr1050493500chr104935049450-0.802724chr1049450497500chr1049750498001chr1049800500500chr105005050100-0.802724chr1050100507500chr105075050800-0.802724chr105...