--scaleFactor: 缩放系数 `—normalizeUsingRPKMReads``: Per Kilobase per Million mapped reads (RPKM)标准化 --normalizeTo1x: 按照1x测序深度(reads per genome coverage, RPGC)进行标准化 --ignoreForNormalization: 指定那些染色体不需要经过标
如果上一步把BAM转换成BW, 那么multiBamSummary可以用multiBigWigSummary替代 # 统计reads在全基因组范围的情况multiBamSummary bins -bs 1000 --bamfiles 02-read-alignment/ap2_chip_rep1_1_sorted.bam 02-read-alignment/ap2_chip_rep1_2_sorted.bam 02-read-alignment/ap2_chip_rep1_3_sorted.bam 02-...
--scaleFactor ：数值，可以是由spike-in推算的校正因子 --numberOfProcessors, -p ：使用的线程数 bamCompare 的基本用法如下 其中，-b1 ：处理组的bam文件 -b2 ：控制组的bam文件 -o ：输出的bw文件 --scaleFactorsMethod ： Possible choices: readCount, SES, None。用于校正样本间文库测序深...
computeMatrix scale-regions \# 选择模式-b3000-a5000\# 感兴趣的区域,-b上游,-a下游-R ~/reference/gtf/TAIR10/TAIR10_GFF3_genes.bed \-S03-read-coverage/ap2_chip_rep1_1.bw \--skipZeros \--outFileNameMatrix03-read-coverage/matrix1_ap2_chip_rep1_1_scaled.tab \# 输出为文件用于plotHeat...
bamCoverage -b /home/huilin_hu/Arabidopsis/output/5.clean/57.bowtie.clean.sort.exc.sort.reheader.rmdup.bam -o 57.bw computeMatrix 有两种不同的模式 reference-point ( relative to a point ): 计算某个点的信号丰度 scale-regions(over a set of regions ): 把所有基因组区段缩放至...
The pioneer factor OCT4 requires the chromatin remodeller BRG1 to support gene regulatory element function in mouse embryonic stem cells 如此美貌,是否让你心动?既然心动,就让我们继续看看它的才华,也就是说它能干什么?首先Deeptools 能够处理BAM 和bigWig 文件,而它其中有以下这些模块,让我来简述一下这些模块...
step1:scale bam file 【downsampling】 不确定效果好不好,相关性很差。需要继续评估。 【结论】经过实验,根本就不需要downsampling,macs3会自动矫正,只需要在normalization的时候考虑scale factor即可。详见HDAC的测试。 step2:SEACR peak calling【macs3足够好用】 ...
--bamIndexFILENAMEIndex for theBAMfile. Default is to consider the path of theBAMfile adding the .bai suffix. (default: None) --scaleFactorNUMBERIndicate a number that you would like to use as a fixed scaling factor instead of the scaling factor calculated by the --normalizeTo1x option....
The pioneer factor OCT4 requires the chromatin remodeller BRG1 to support gene regulatory element function in mouse embryonic stem cells 如此美貌,是否让你心动? 既然心动,就让我们继续看看它的才华,也就是说它能干什么? 首先Deeptools 能够处理BAM 和bigWig 文件,而它其中有以下这些模块,让我来简述一下这些...
--scaleFactor 0.5 You can always see all available command-line options via --help: You can always see all available command-line options via --help or -h: .. code:: bash $ bamCoverage --help $ bamCoverage -h And a minimal usage example can be shown by running a command without an...