DeepTools提供数据预处理功能,如排序、索引、过滤和修剪测序数据,以确保数据质量和一致性。 数据可视化 🎨 DeepTools配备了多种可视化工具,包括热图生成、核苷酸分布绘制、染色体轨迹绘制和分布曲线绘制,帮助用户更好地理解实验数据。 质量控制 🛠️ DeepTools可以评估测序数据的质量,进行GC含量分布、Nucleosome分析、PCR...
📦 介绍deeptools:deeptools是一套基于Python开发的强大工具,专为处理和分析高通量测序数据而设计。无论是ChIP-seq、ATAC-seq还是MNase-seq,deeptools都能提供全面的支持。🔧 主要功能: 1️⃣ 处理BAM文件或转换为BigWig文件; 2️⃣ 严格的数据质量控制; 3️⃣ 制作精美图表,如热图和折线图。📊 通...
一、基本概念 1.1 Deeptools 的用途 1.2 TSS 1.3 BED 格式 二、画图 2.1 ComputeMatrix 2.2 plotHeatmap 绘制热图 2.3 plotProfile 绘制折线图 一、基本概念 1.1 Deeptools 的用途 处理bam 文件 或者 bam 转化的 bigwig 文件; 数据质量控制; 作图,比如热图、折线图; 其他。 1.2 TSS 转录起始位点(Transcription St...
【核心经验】DiffBind跑出流程不难,难就难在很难控制,也很难理解结果。 deeptools的结果高度可控,使用的normalization的方法也是很容易理解,所以我觉得下游所有的差异分析都可以基于deeptools的matrix数据。 就算是后面的单细胞的ATAC-seq数据,我觉得用这套方法来处理也是比较靠谱的。 一些小技巧,bam转bigwig去IGV可视化。
软件11 —— deeptools 一、 基本介绍 deeptools是基于Python开发的一套工具,用于处理诸如RNA-seq、ChIP-seq、MNase-seq、ATAC-seq等高通量数据。工具分为四个模块:BAM和bigWig文件处理、质量控制、热图和其他描述性作图、其他。当然也可以简单分为两个部分:数据处理和可视化。
deeptools用法 deeptools用法 DeepTools是一个用于深入分析高通量测序数据（如ChIP-seq和RNA-seq数据）的软件工具集。它提供了一系列有用的功能，包括生成测序质量统计图、绘制基因组浏览图、计算染色体覆盖度等。以下是DeepTools的基本用法以及一些常见的功能：安装DeepTools：DeepTools可以通过pip安装，命令为：pip install ...
1.安装依赖:在开始安装deeptools之前,需要确保系统中已安装了一些常见的依赖库,如Python、NumPy、SciPy等。可以使用package manager(如conda或pip)来安装这些依赖。 2.安装deeptools:可以使用conda或pip来安装deeptools。以下是使用conda安装的步骤: conda create -n deeptools python=2.7 conda activate deeptools conda in...
ATAC后续可视化生成的热图和平均图可以用R包进行绘制,我这里选的是deeptools里的bamCoverage和computeMatrix功能 deeptools安装是用conda一键式安装,我直接安在base环境下,不需要再另外配置环境 看一下deeptools的手册,可以更快帮助自己了解deeptools的参数 先将之前bowtie比对的bam文件进行归一化,转为bigwig文件 ...
以下是一些常用 Deeptools 命令及其参数的简要介绍。 ### 1. `bamCoverage` 将 BAM 文件转换为 bigWig 或 bedGraph 格式的文件,以便进行可视化和进一步分析。 **基本用法**: ```bash bamCoverage -b input.bam -o output.bw --binSize 10 --normalizeUsing RPKM ``` **主要参数**: - `-b`, `--...
deepTools addresses the challenge of handling the large amounts of data that are now routinely generated from DNA sequencing centers. deepTools contains useful modules to process the mapped reads data for multiple quality checks, creatingnormalized coverage filesin standard bedGraph and bigWig file forma...