conda create --name pytorch-deeptools conda activate pytorch-deeptools conda install -c bioconda deeptools 方法二 pip install deeptools 需要gcc。到root用户下 `yum install gcc 报错。是因为centOS8不再维护的原因 CentOS Linux 8 - AppStream 502 B/s | 38 B 00:00 Error: Failed to download metadata...
有时候,conda可能无法识别已安装的包,这可能是由于Python环境配置不正确所致。检查你的Python环境是否正确设置,并确保deeptools安装在正确的环境中。 如果仍然遇到问题,尝试创建一个新的conda环境,并在该环境中安装deeptools。这可以避免与其他包的冲突。运行以下命令创建一个新的conda环境(例如“myenv”)并安装deeptools:...
mac下通过终端运行conda 环境中的deeptools,出现如下的报错: ImportError:dlopen(/miniconda3/envs/deeptools/lib/python3.7/site-packages/pysam/libcutils.cpython-37m-darwin.so,2):Librarynotloaded:@rpath/libcsamtools.cpython-37m-darwin.soReferencedfrom:/miniconda3/envs/deeptools/lib/python3.7/site-packages...
ATAC后续可视化生成的热图和平均图可以用R包进行绘制,我这里选的是deeptools里的bamCoverage和computeMatrix功能 deeptools安装是用conda一键式安装,我直接安在base环境下,不需要再另外配置环境 看一下deeptools的手册,可以更快帮助自己了解deeptools的参数 先将之前bowtie比对的bam文件进行归一化,转为bigwig文件 需要用samto...
conda create --name deeptools-room source activate deeptools-room pip install deeptools 2.这里仅针对一个bam做的TSS,如果你想将自己数据一起出图,提前准备好bw文件即可 #准备bw文件,先建索引,然后转bw samtools index 1.bam bamCoverage -b 1.bam -o 1.bw ...
conda activate deeptools conda install -c bioconda deeptools 3.配置环境:安装完成后,需要配置deeptools的环境变量。可以将deeptools添加到系统的PATH变量中,以便在任何位置都可以访问deeptools命令。 常用功能和工具 1. bamCoverage bamCoverage是deeptools中一个常用的工具,用于计算和可视化测序reads在基因组上的分布。以...
Command line usage (via pip / conda / github) Integration into Galaxy servers (via toolshed/API/web-browser) There are many easy ways to install deepTools. More details can be foundhere. In Brief: Install through pypi $ pip install deeptools ...
Command line usage (via pip / conda / github) Integration into Galaxy servers (via toolshed/API/web-browser) There are many easy ways to install deepTools. More details can be foundhere. In Brief: Install through pypi $ pip install deeptools ...
ATAC后续可视化生成的热图和平均图可以用R包进行绘制，我这里选的是deeptools里的bamCoverage和computeMatrix功能 deeptools安装是用conda一键式安装，我直接安在base环境下，不需要再另外配置环境 看一下deeptools的手册，可以更快帮助自己了解deeptools的参数 先将之前bowtie比对的bam文件进行归一化，转为bigwig...
本来我的conda环境里面安装的deeptools一直可以用,突然间就想安装samtools,发现之前的deeptools就开始报错 我查看了记录,安装的是samtools: 1.9-h46bd0b3_0但是有些python包被降级了。 The following packages will be DOWNGRADED: blas: 1.1-openblas --> 1.0-mkl ...