1、下载安装ANACONDA anaconda.com/products/d Linux版本: repo.anaconda.com/archi 下载后执行sh文件,按照提示安装即可 2、安装deeptools deeptools.readthedocs.io 方法一 conda install -c bioconda deeptools 报错处理: (base) [qing@vps-us ~]$ conda install -c bioconda deeptools Collecting package metadata ...
旧版本的conda可能无法找到某些包。在终端中运行以下命令更新conda: conda update conda 使用正确的通道来安装deeptools。有时候,某些包可能不在默认的conda通道中,因此需要指定其他通道进行安装。运行以下命令尝试从conda-forge通道安装deeptools: conda install -c conda-forge deeptools 如果上述步骤仍然无法解决问题,可以...
其核心功能包括:-生成测序深度分布图-绘制热图展示基因组特征关联性-分析reads在特定区域的分布特征-数据质量控制和标准化处理## 二、安装与环境配置### 1. 基础安装推荐通过conda安装:```bash conda create -n deeptools_env python=3.8 conda activate deeptools_env conda install -c bioconda deeptools AI代码助...
1.安装deeptools conda activate conda create --name deeptools-room source activate deeptools-room pip install deeptools 2.这里仅针对一个bam做的TSS,如果你想将自己数据一起出图,提前准备好bw文件即可 #准备bw文件,先建索引,然后转bw samtools index 1.bam bamCoverage -b 1.bam -o 1.bw #获取注释bed文...
1.安装依赖:在开始安装deeptools之前,需要确保系统中已安装了一些常见的依赖库,如Python、NumPy、SciPy等。可以使用package manager(如conda或pip)来安装这些依赖。 2.安装deeptools:可以使用conda或pip来安装deeptools。以下是使用conda安装的步骤: conda create -n deeptools python=2.7 conda activate deeptools conda in...
ATAC后续可视化生成的热图和平均图可以用R包进行绘制，我这里选的是deeptools里的bamCoverage和computeMatrix功能 deeptools安装是用conda一键式安装，我直接安在base环境下，不需要再另外配置环境 看一下deeptools的手册，可以更快帮助自己了解deeptools的参数 先将之前bowtie比对的bam文件进行归一化，转为bigwig...
在chip_seq数据分析中,通常会对peak区域在基因组上的分布进行探究,查看其分布是否存在规律,比如是否在转录起始位点,或者转录终止位点附近存在富集,此时我们可以通过deeptools这个工具来实现。 首先通过computeMatrix这个命令,可以计算基因组区域上的分布,分成以下两种模式 ...
本来我的conda环境里面安装的deeptools一直可以用,突然间就想安装samtools,发现之前的deeptools就开始报错 我查看了记录,安装的是samtools: 1.9-h46bd0b3_0但是有些python包被降级了。 The following packages will be DOWNGRADED: blas: 1.1-openblas --> 1.0-mkl ...
问Deeptools找不到存在的文件EN最近博客需要这么个功能，最初是想用file_exists()来判断本地文件的，...
一、deeptools安装 见我写的第一篇文章《Conda 安装软件万能链接》:Conda安装软件万能链接 二、deeptools可视化要用到4个小命令——bamCoverage、computeMatrix、plotProfile 、plotHeatmap,我简称bcpp一整套(方便记忆,哈哈哈,为啥叫一整套就说明了这4个小命令是可以连着用的,紧密性很强。) ...