Model inference: Old models trained by v1 will not work in v2. Rundp convert-fromto convert old models to v2. Python interface:deepmd.DeepPothas been moved todeepmd.infer.DeepPot. C++ interface:NNPInterhas been renamed todeepmd::DeepPotandNNPInter.hhas been renamed toDeepPot.h. Use-ld...
DeepMD-kit 原理(2) qiqiphysics 你好啊~外星人3 人赞同了该文章 祝大家科研顺利。。发布于 2023-09-20 14:39・IP 属地上海 深度势能 赞同33 条评论 分享喜欢收藏申请转载 写下你的评论... 3 条评论 默认 最新 phy-condens 你好,我想问一下这个长图是直接从ppt导出的...
system_1 = dpdata.BondOrderSystem("tests/bond_order/CH3OH.mol", fmt="mol")# read from .mol file system_2 = dpdata.BondOrderSystem("tests/bond_order/methane.sdf", fmt="sdf")# read from .sdf file 在SDF文件中,所有分子必须具有相同的拓扑结构(即具有相同分子构型的构象)。BondOrderSystem还支...
Hackathon_2_DeePMD-kit 关注 0:00:00 / 1:52:11 自动 倍速 登录免费享高清画质 立即登录 2 人正在看 已装填 4 条弹幕 请先登录或注册 弹幕礼仪 发送 31 24 59 12 稿件投诉 笔记 未经作者授权,禁止转载 人工智能 知识 科学科普 物理 数学 计算 高性能计算 分子动力学模拟 分子模拟 ...
如图1和2，前面的AIMD部分没有问题，电荷密度都收敛了，能量误差在e-8数量级。然而，丢到deepmd-kit里...
2. Data In this section, we will introduce how to convert the DFT labeled data into the data format used by DeePMD-kit. The DeePMD-kit organize data in systems. Each system is composed by a number of frames. One may roughly view a frame as a snap short on an MD trajectory, but...
2. DeePMD-kit[3] 2.1 框架 DeePMD-kit包括三部分:1) 用于计算作用力、描述符和作用力的C++库,包括与TensorFlow的接口和第三方MD包;2) 使用TensorFlow的训练和测试程序;3) 对于LAMMPS和i-PI的支持。 一个完整的模拟过程包括以下步骤:1) 对于给定的系统,DeePMD-kit先将AIMD计算得到的数据转化为一种自定义的文件...
2. Prepare data with dpdata One can use the a convenient tool dpdata to convert data directly from the output of first principle packages to the DeePMD-kit format. To install one can execute pip install dpdata An example of converting data VASP data in OUTCAR format to DeePMD-kit ...
摘要: Recent developments in many-body potential energy 被引量: 6 年份: 2018 收藏 引用 批量引用 报错 分享 全部来源 免费下载 求助全文 arXiv.org (全网免费下载) ResearchGate (全网免费下载) 相似文献 引证文献A machine learning method for accelerating calculation of hydrodynamic interactions in polymer...
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