且一次性完成重复实验(3)分析信息准备:本研究物种匹配的成熟的基因组信息(包括基因组 fa 文件、gff 文件、pep.fa 文件)备注:理论上植物转录因子都可以做DAP-seq,非植物样本理论上可行,但由于DAP是植物的表达系统,无法保证后续结果。
在基因组浏览器(如Integrative Genomics Viewer31)中检查映射读取和峰值文件(BED或窄峰格式),并将峰值与阴性对照样本进行比较。成功的DAP-seq实验通常会产生5%的波峰读数,并在背景中产生大量富集的波峰。如模因基序发现软件(http://meme-suite.org/)所产生的丰富基序可以与已知tf结合位点的综合数据库中的基序进行比较...
染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)、Western blot、药物再定位等实验揭示了GCs通过与GR和TET2共调控促进CRC...
3. DAP-seq信号分析:分析序列比对结果,检测DAP-seq信号,评估其丰度和定位精度。4. 差异表达分析:比较不同样本之间的DAP-seq信号,筛选差异表达的基因或位点。5. 生物信息学分析:利用生物信息学方法,对差异表达基因或位点进行功能注释和路径分析,挖掘其生物学意义。五、结果解读与报告撰写1. 结果解读:对数据...
下面我将从实验步骤的角度来介绍DAP-Seq的流程。 1. DNA亲和纯化(DNA Affinity Purification),首先,将目标DNA结合蛋白与DNA结合,形成蛋白-DNA复合物。然后,使用亲和纯化技术,如使用标记有亲和标签的DNA分子(例如生物素或His标签)来纯化蛋白-DNA复合物。 2. DNA片段化(DNA Fragmentation),将纯化的蛋白-DNA复合物...
蓝景科信DAP-seq(DNA亲和纯化测序)技术服务实验分析流程 100+物种,1000+转录因子的实战经验。 无需抗体,高通量鉴定转录因子的下游基因,蓝景科信已助力客户在许多期刊发表文章,例如:Molecular Plant,The Plant Cell,Plant Physiology等。 品牌其他品牌适用领域科研 ...
一、为何选择DAP-seq?二、实验流程概述 1. 前期准备(1)样本准备:足量样本、含有目的转录因子的质粒(需提供测序结果)(2)样本重复:针对同一个转录因子可以不设置重复样本;如果想设置重复样本,建议两到三个,且一次性完成重复实验(3)分析信息准备:本研究物种匹配的成熟的基因组信息(包括基因...
蓝景科信DAP-seq(DNA亲和纯化测序)实验流程 一、蛋白表达载体构建 1.1. 蛋白表达载体构建试剂 高保真PCR预混液,琼脂糖凝胶回收试剂盒,同源重组克隆试剂盒,DH5α感受态细胞,高纯度质粒小提试剂盒。 1.2. 蛋白表达载体构建方法 1.2.1. 根据基因CDS序列,设计上游和下游引物并进行引物合成。
一种融合转座酶建库的DAP-seq实验方法专利信息由爱企查专利频道提供,一种融合转座酶建库的DAP-seq实验方法说明:本申请公开了一种融合转座酶建库的DAP‑seq实验方法,利用Tn5转座酶结合未被转录因子(TF)结合...专利查询请上爱企查
DAP-seq实验的原理 DAP-Seq将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合,不需要针对每个转录因子制备特异性抗体,所以DAP-Seq具有快速、高通量、节约时间成本等显著优势,比ChIP-seq更易于扩展。 DAP-seq实验的原理 产品详情 DAP-seq实验的原理 基于DNA亲和纯化,通过体外表达转录因子鉴定TFBS的技术,具有不受抗体和物种限...