下面我将从实验步骤的角度来介绍DAP-Seq的流程。 1. DNA亲和纯化(DNA Affinity Purification),首先,将目标DNA结合蛋白与DNA结合,形成蛋白-DNA复合物。然后,使用亲和纯化技术,如使用标记有亲和标签的DNA分子(例如生物素或His标签)来纯化蛋白-DNA复合物。 2. DNA片段化(DNA Fragmentation),将纯化的蛋白-DNA复合物...
(26)(可选步骤)DNA扩增以去除甲基化并得到扩增的DAP文库。 2.DAP-seq 实验流程 (27)蛋白表达,在96孔PCR板内,根据说明书构建一个50μl体系的TNT(无细胞表达系统)表达反应,每个反应需要1μg pIX-Halo-ORF 质粒 DNA。 关键步骤:尽量不用每个反应不用400 ng 以下的质粒DNA。 (28)移液器轻柔吹吸混匀,30°...
3)转录组 + DAP-seq关联:探究目标转录因子对差异基因的调控网络关系,可进一步提升研究深度。通过转录组和DAP-seq分析结果关联,可以获得目标蛋白在全基因组水平上的结合热点(peak 区域),以及实验前后样本转录水平的变化值(差异表达基因),再通过联合定义目标peak 与差异表达基因之间的相关系数,从而发现目标蛋白对样本转录...
2. 具体步骤主要步骤包括DNA文库构建、蛋白表达、蛋白与文库的结合反应、文库PCR加接头及定量检测、上机测序、生信分析等。(1)组织材料的全基因组 DNA 提取,并构建 DNA文库;(2)构建转录因子的Halo-tag体外表达质粒,利用麦胚系统进行蛋白表达;(3)混合蛋白与文库,磁珠富集与目的蛋白结合的 DNA 片段;(4)多次洗涤,除...
蓝景科信DAP-seq(DNA亲和纯化测序)技术服务实验分析流程 100+物种,1000+转录因子的实战经验。 无需抗体,高通量鉴定转录因子的下游基因,蓝景科信已助力客户在许多期刊发表文章,例如:Molecular Plant,The Plant Cell,Plant Physiology等。 产品介绍: 品牌其他品牌适用领域科研 ...
DAP-seq 实验流程 主要步骤包括 DNA 文库构建、蛋白表达、蛋白与文库的结合反应、文库 PCR 加接头及定量检测、上机测序、生信分析等。 文库构建与基因组 DNA 提取:从组织材料中提取全基因组 DNA 后,对 DNA 进行片段化处理,接着,将这些片段化的 DNA 连接到基于 Illumina 的测序接头上,以此构建基因组 DNA 文库。
3.1.1. DNA建库试剂盒(BIOO SCIENTIFIC,NOVA-5188-01-NEXTflex-Rapid-DNA-Seq-kit-2.0)。 3.1.2. DNA Clean Beads (MICH Scientific,货号NGS-0201-100) 3.2. 亲和纯化文库构建方法 3.2.1. 取适量基因组DNA进行片段化。 3.2.2. 对片段化后的基因组DNA进行筛选。
DAP-seq在基因组水平上,鉴定转录因子的结合位点(transcription factor binding sites, TFBS)非常重要。ChIP-seq是进行体内检测TFBS的主要方法。然而,ChIP-seq依赖于抗体质量,这对低表达的蛋白质具有很大的挑战性。所以,ChIP-seq通常在规模上受到限制,难以进行高通量扩展。因此,只有少数转录因子可以获得结合位点信息,大量...
DAPSeq的实验流程主要包括DNA提取、酶切、甲基化、测序和数据分析等步骤。首先,需要从样品中提取DNA,然后对其进行酶切,将DNA分成适当的片段。接着,对DNA片段进行甲基化处理,以模拟真实的DNA甲基化状态。甲基化后的DNA片段经过PCR扩增后,进行二代测序。最后,通过对测序数据的分析,可以鉴定DNA甲基化位点和其在不同样本...
DAP-seq可以分为以下三个阶段 转录因子的无细胞表达 1、将转录因子TF蛋白连上一个Halo 标签，这个标签...