且一次性完成重复实验(3)分析信息准备:本研究物种匹配的成熟的基因组信息(包括基因组 fa 文件、gff 文件、pep.fa 文件)备注:理论上植物转录因子都可以做DAP-seq,非植物样本理论上可行,但由于DAP是植物的表达系统,无法保证后续结果。
蓝景科信DAP-seq(DNA亲和纯化测序)技术服务实验分析流程 100+物种,1000+转录因子的实战经验。 无需抗体,高通量鉴定转录因子的下游基因,蓝景科信已助力客户在许多期刊发表文章,例如:Molecular Plant,The Plant Cell,Plant Physiology等。 产品介绍: 品牌其他品牌适用领域科研 ...
DAP-seq在基因组水平上,鉴定转录因子的结合位点(transcription factor binding sites, TFBS)非常重要。ChIP-seq是进行体内检测TFBS的主要方法。然而,ChIP-seq依赖于抗体质量,这对低表达的蛋白质具有很大的挑战性。所以,ChIP-seq通常在规模上受到限制,难以进行高通量扩展。因此,只有少数转录因子可以获得结合位点信息,大量T...
在基因组浏览器(如Integrative Genomics Viewer31)中检查映射读取和峰值文件(BED或窄峰格式),并将峰值与阴性对照样本进行比较。成功的DAP-seq实验通常会产生5%的波峰读数,并在背景中产生大量富集的波峰。如模因基序发现软件(http://meme-suite.org/)所产生的丰富基序可以与已知tf结合位点的综合数据库中的基序进行比较...
下面我将从实验步骤的角度来介绍DAP-Seq的流程。 1. DNA亲和纯化(DNA Affinity Purification),首先,将目标DNA结合蛋白与DNA结合,形成蛋白-DNA复合物。然后,使用亲和纯化技术,如使用标记有亲和标签的DNA分子(例如生物素或His标签)来纯化蛋白-DNA复合物。 2. DNA片段化(DNA Fragmentation),将纯化的蛋白-DNA复合物...
开展DAP-seq实验，需要准备什么？在准备开展DAP-seq实验之前，需要进行一系列的准备工作，以确保实验的顺利进行。本文将详细介绍开展DAP-seq实验所需要准备的内容。一、实验材料1. 样品：选择适当的组织或细胞样品，确保其质量和数量满足实验要求。2. 试剂：包括DNA提取试剂、酶、引物、探针等，确保质量可靠、浓度准确...
蓝景科信DAP-seq(DNA亲和纯化测序)实验流程 一、蛋白表达载体构建 1.1. 蛋白表达载体构建试剂 高保真PCR预混液,琼脂糖凝胶回收试剂盒,同源重组克隆试剂盒,DH5α感受态细胞,高纯度质粒小提试剂盒。 1.2. 蛋白表达载体构建方法 1.2.1. 根据基因CDS序列,设计上游和下游引物并进行引物合成。
DAP-seq可以分为以下三个阶段 转录因子的无细胞表达 1、将转录因子TF蛋白连上一个Halo 标签，这个标签...
一、为何选择DAP-seq？二、实验流程概述 1. 前期准备（1）样本准备：足量样本、含有目的转录因子的质粒（需提供测序结果）（2）样本重复：针对同一个转录因子可以不设置重复样本；如果想设置重复样本，建议两到三个，且一次性完成重复实验（3）分析信息准备：本研究物种匹配的成熟的基因组信息（包括基因...
DAP-Seq(DNA亲和纯化测序) | 传统的ChIP-seq 是进行体内检测 TFBS 的主要方法,繁琐步骤和材料需求阻拦了很多科研进程。DNA亲和纯化测序方法,成功将体内结合实验转移到体外,解决了ChIP抗体制备的困扰,极大的提高 DNA Binding Site发现的效率。 DAP-seq不仅能够超高通量查找TFBS,还能深入了解众多TF的生物学特性和结合位...