(58)(可选择)蛋白表达和结合的分析,第36步和第38步的样品可以进行WB分析,验证表达和结合。 3.DAP-seq数据分析 (59)新一代测序,根据Illumina测序仪的操作说明将样品进行测序,我们发现75-bp和100-bp的单端读取运行都足够了。 (60)读取一致性。使用标准的短读映射软件如Bowtie2对齐FASTQ文件到参考基因组(引用28)...
下面我将从实验步骤的角度来介绍DAP-Seq的流程。 1. DNA亲和纯化(DNA Affinity Purification),首先,将目标DNA结合蛋白与DNA结合,形成蛋白-DNA复合物。然后,使用亲和纯化技术,如使用标记有亲和标签的DNA分子(例如生物素或His标签)来纯化蛋白-DNA复合物。 2. DNA片段化(DNA Fragmentation),将纯化的蛋白-DNA复合物...
虽然磁珠可以吸附Halo Tag-TF2单体，但在没有结合DNA的情况下，将检测不到它们的峰值；（b）通过DAP-seq和dDAP-seq检测到的所有C/S1 bZIPs的峰数量；（c）C/S1 bZIPs同源二聚体和异源二聚体在已知靶基因ASN1（AT3G47340）上的DAP-seq和dDAP-seq结合图谱；（d）比较S1同源二聚体、S1:C异源二聚体和A组...
该研究借助DNA亲和纯化测序(DNA Affinity Purification Sequencing,DAP-seq)技术,深入揭示了胡杨耐盐的分子机制。
1. DAP-seq原理、技术流程,能解决什么样的问题? 原理:体外表达的蛋白和DNA进行亲和纯化,将与蛋白结合的DNA洗脱后进行高通量测序。 技术流程:将编码转录因子的CDS序列构建到含有亲和标签的载体中,构建蛋白表达载体,进行体外蛋白表达,形成转录因子和亲和标签的融合蛋白;提取样品的基因组DNA,构建DNA文库,然后将体外表达的...
技术路线：◆ 主要内容◆ 研究发现二倍体草莓Fragaria vesca中的FvRIF是控制果实成熟的关键调节因子，FvRIF的敲除突变导致果实不能成熟发育。DAP-seq与转录组结合表明，2080个基因是FvRIF介导的调控的直接靶点，包括与果实成熟的各个方面相关的基因。研究表明，FvRIF通过直接调节相关核心基因来调节花青素生物...
DAP-seq技术的出现,使TFBS的研究不再局限于任何生物,不再受抗体质量的限制,为生命科学领域转录因子的研究提供了新型高效的工具。 DAP-seq和ChIP-seq的区别: 服务优势: 高通量检测转录因子或DNA结合蛋白在基因组上的结合位点; 可用于模式物种和非模式物种的研究,无需特异性抗体; ...
DAP-seq的核心原理是利用转录因子对特定DNA序列的亲和力进行富集。首先,将纯化得到的目标转录因子与基因组DNA片段混合孵育,使转录因子与DNA上的特异结合位点形成复合物。随后,通过亲和层析等手段将转录因子-DNA复合物与未结合的DNA分离,从而实现转录因子结合位点的富集。
DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术服务 传统的ChIP-seq 是进行体内检测 TFBS 的主要方法,繁琐步骤和材料需求阻拦了很多科研进程。DNA亲和纯化测序(DAP-seq)方法,成功将体内结合实验转移到体外,解决了ChIP抗体制备的困扰,极大的提高 DNA Binding Site发现的效率。DAP-seq不仅能够超高通量查找TFBS,还能深入了解众多TF的生物...