(58)(可选择)蛋白表达和结合的分析,第36步和第38步的样品可以进行WB分析,验证表达和结合。 3.DAP-seq数据分析 (59)新一代测序,根据Illumina测序仪的操作说明将样品进行测序,我们发现75-bp和100-bp的单端读取运行都足够了。 (60)读取一致性。使用标准的短读映射软件如Bowtie2对齐FASTQ文件到参考基因组(引用28)...
虽然磁珠可以吸附Halo Tag-TF2单体，但在没有结合DNA的情况下，将检测不到它们的峰值；（b）通过DAP-seq和dDAP-seq检测到的所有C/S1 bZIPs的峰数量；（c）C/S1 bZIPs同源二聚体和异源二聚体在已知靶基因ASN1（AT3G47340）上的DAP-seq和dDAP-seq结合图谱；（d）比较S1同源二聚体、S1:C异源二聚体和A组...
研究思路三:高阶式ATAC-seq与DAP-seq关联研究 针对非模式物种,高阶式ATAC-seq与DAP-seq关联研究可以通过以下三个步骤完成: 1)ATAC-seq研究:利用ATAC-seq分析结果,当候选转录因子的结合位点序列(motif)已知时,可以获得目标转录因子开放染色质区域对下游基因表达的调控作用,且可以同时检测核小体的转录调控效应。 2)D...
下面我将从实验步骤的角度来介绍DAP-Seq的流程。 1. DNA亲和纯化(DNA Affinity Purification),首先,将目标DNA结合蛋白与DNA结合,形成蛋白-DNA复合物。然后,使用亲和纯化技术,如使用标记有亲和标签的DNA分子(例如生物素或His标签)来纯化蛋白-DNA复合物。 2. DNA片段化(DNA Fragmentation),将纯化的蛋白-DNA复合物...
DAP-seq具有与ChIP-seq同样的功能。通过体外蛋白表达技术,表达出带有标签的转录因子,和基因组DNA文库在体外进行结合,然后分离出所有与转录因子结合的DNA,再使用高通量测序,找到转录因子的结合位点。 DAP-seq是ChIP-seq的重要补充方法,可以应用于模式和非模式物种,一般来说,有参考基因组的物种都可以进行DAP-seq,如果没...
1. DAP-seq原理、技术流程,能解决什么样的问题? 原理:体外表达的蛋白和DNA进行亲和纯化,将与蛋白结合的DNA洗脱后进行高通量测序。 技术流程:将编码转录因子的CDS序列构建到含有亲和标签的载体中,构建蛋白表达载体,进行体外蛋白表达,形成转录因子和亲和标签的融合蛋白;提取样品的基因组DNA,构建DNA文库,然后将体外表达的...
DAP-seq实验流程: DAP-seq技术流程图 【动画视频】DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术流程https://www.bilibili.com/video/BV1FV4y1S77f/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click 已做DAP-seq的植物物种:拟南芥、茎瘤芥、甘蓝型油菜、白菜型油菜、不结球白菜、菜心、小麦、大麦、花生、辣椒、番茄、草莓、黄花棘...
DAPSeq的基本原理是将DNA提取、裂解、甲基化处理后,通过测序技术对其进行分析,从而确定DNA甲基化谱。 DAPSeq的实验流程主要包括DNA提取、酶切、甲基化、测序和数据分析等步骤。首先,需要从样品中提取DNA,然后对其进行酶切,将DNA分成适当的片段。接着,对DNA片段进行甲基化处理,以模拟真实的DNA甲基化状态。甲基化后的...
9.如权利要求8所述表观遗传的dap-seq测序建库方法,其特征在于,步骤(2)中的a指腺嘌呤,接头是短核苷酸序列,接头1的序列信息如seqidno.1所示;接头2的序列信息如seqidno.2所示。 技术总结 本发明属于高通量测序建库领域,具体涉及一种表观遗传的DAP‑seq测序建库方法。本发明提供的测序建库方法主要包括载体构建、...
DNA亲和纯化测序(DNA Affinity Purification sequencing,DAP-seq)方法,成功将体内结合实验转移到体外,解决了ChIP抗体制备的困扰,极大的提高转录因子结合位点(TFBS)发现的效率。。