special_bonds charmm special_bonds amber 注:对于 CHARMM,较新的 charmmfsw 或 charmmfsh 样式于 2017 年 3 月发布。我们建议使用它们来代替旧的 charmm 样式。请参阅 pair charmm 和 dihedral charmm文档页面上的差异讨论。 COMPASS 是一个通用力场,用于常见有机分子、无机小分子和聚合物的原子模拟,它是使用从...
TIP4P水在正常水分子的基础上增加了一个虚原子,具体可查阅lammps官方手册(https://docs.lammps.org/Howto_tip4p.html),虚原子不是实体原子,因此在水分子建模中不需要建出虚原子,仅在pair势中设置即可。 这两种势对应的公式一样的,由两部分组成:LJ势和库仑势。 LJ势对应公式: 库...