转录因子CUT&Tag,不得不说的“伤痛” 转录因子是一类特殊的蛋白质,通过与DNA特定序列结合,调控基因转录过程。CUT&Tag可以在活细胞中检测全基因组范围内转录因子的结合位点,是研究转录因子调控机制的利器。 但“高速运转”的细胞动态发生着转录翻译的生命活动,由于转录因子与基因组的结合具有动态或间接的特点,并非一直牢...
Cut&Tag产物可以跑PCR,需要在8-10DNA提取之后加入Stop Buffer,95度五分钟,磁力架取上清跑Q。 CDNA保存时间 ⏳ CDNA在-20度只能保存1-2周,如果需要跑Q可能需要重复试验。胶没有2100敏感,转录因子跑胶可能没有东西但是能测序,看我的胶图我感觉20就不用浪费产物了直接送质检,40左右可以挣扎一下跑个胶,我一般...
CUT&Tag主要用于全基因组范围内的DNA-蛋白质结合位点分析/研究,包括存在于常染色质及异染色质区域的组蛋白类修饰及转录因子结合。当用于研究低丰度转录因子或存在于染色质压缩缠绕区的H3K27me3时,丰度较低会导致其文库产量也相比常规活跃型组蛋白修饰研究的文库产量低,但同样可以获得好的测序及数据分析结果。 Q6 CU...
同时作者将数据与iCell8 scCUT&Tag与scChIP–seq m比较，指纹图谱显示，与scChIP-seq相比，scCUT&Tag具有更高的特异性和更好的信噪比，其特异性水平与iCell8 scCUT&Tag相似。2、单个组蛋白修饰的 scCUT&Tag 可用来识别小鼠大脑中的特定细胞群为了对细胞进行解卷积和聚类，作者使用 5 kb（H3K4me3、H3K27ac ...
tsCUT&Tag技术流程概要如下(图1A):先从特定组织中分离植物原生质体,例如玉米黄化苗和水稻绿叶鞘等。将转录因子克隆到pM999-GFP载体中,在分离的原生质体中瞬时表达。收集大约105个成功转染的活细胞,立即固定在ConA Beads上,并用5% Digitonin...
近日,浙江省农业科学院徐盛春研究员团队开发了生物素标记的Tn5转座酶介导的CUT&Tag (B-CUT&Tag)方法,并成功应用于植物转录因子与DNA互作研究。该技术首次报道了利用CUT&Tag在植物中鉴定转录因子结合位点,提供的B-CUT&Tag流程可以不受起始材料用量和转录因子含量水平的限制,可广泛应用于植物和动物转录因子研究。相关研...
1. 通过鼻咽癌有无转移的组织RNAseq测序,找到潜在转录因子EBF3 2. 构建相关模型,证明其重要性 3. 通过CUTTag确定结合波形蛋白 4. 筛选众多候选基因,确定EGR1/EZH2/HDAC9复合物和EBF3的相互作用 实验结果 EBF3 在转移性 NPC 中高表达并与低生存率相关 ...
这很可能是由于 cut&tag技术主打的可以使用低起始量的细胞的特点造成的。目前已有的纯化和建库 手段也是基于低细胞起始量的cut&tag反应。由于染色质的使用量不够(不如传统 的chip用量多),造成低丰度的转录因子与dna互作的鉴定灵敏度不高。而一旦加 大反应体系中染色质的使用量,过量的未剪切dna又会影响...
单细胞 CUT&Tag 分析 随着10X、BD等平台技术的推进,单细胞层面解析表达和开放染色质水平的研究方法已经得到很好的建立,并且在动植物种中都得到了很好的尝试。 对于研究特定组蛋白修饰或转录因子结合的染色质区域的单细胞分析在技术上具有挑战性。今天小编和大家分享一篇今年四月份发表于Nature Biotechnology 的article 《...
单细胞 CUT&Tag 分析 随着10X、BD等平台技术的推进,单细胞层面解析表达和开放染色质水平的研究方法已经得到很好的建立,并且在动植物种中都得到了很好的尝试。 对于研究特定组蛋白修饰或转录因子结合的染色质区域的单细胞分析在技术上具有挑战性。今天小编和大家分享一篇今年四月份发表于Nature Biotechnology 的article 《...